善于识人的光武帝将运筹帷幄的邓禹比喻成张良，将秉公执法、长期镇守后方的寇恂比喻成萧何，将性格刚毅、文武双全的贾复比喻成曹参，将忠勇无敌与杀罚果断的吴汉比喻成周勃，而在他心中，功高盖主的战神将军韩信的位置非耿弇莫属了
刘秀建立东汉王朝后，首先致力于整顿吏治，加强专制主义中央集权。他虽封功臣为侯，赐予优厚的爵禄，但禁止他们干预政事。对诸侯王和外戚的权势，也多方限制。在行政体制上，刘秀一方面进一步抑夺三公职权，使全国政务都经尚书台，最后总揽于皇帝;另一方面，又加强监察制度，提高刺举之吏，如御史中丞、司隶校尉和部刺史的权限和地位。又令全国共并省400多个县，吏职减省至1/10。与此同时，刘秀还采取了不少措施来安定民生，恢复残破的社会经济。建武六年下诏恢复三十税一的旧制。东汉初年的封建租赋徭役负担，比起西汉后期和战争期间有所减轻。他前后九次下诏释放奴婢，或提高奴婢的法律地位，使大量奴婢免为庶人，使流民返回农村，促进生产。他统治的时期，史称中兴。
建武十五年，刘秀针对当时“田宅逾制”和隐瞒土地户口的严重现象，下令全国检核土地户口。郡县守、令不敢触动贵戚官僚和世家豪族，反而在清查过程中“多为诈巧，不务实核”，“优饶豪右，侵刻羸弱”。结果，激起各地农民的反抗，郡国的豪强大姓也乘机作乱。对此，刘秀采取了不同的对策。对于农民的反抗斗争是进行分化和镇压，对于大姓兵长，则在处死度田不实的十几名郡守之后，即下令停止度田，向豪强地主让步。光武帝在其统治末年还“宣布图谶于天下”，企图以儒家学说与谶纬神学的混合物作为思想武器，加强对人民思想的统制。
