除了中书省、御史台和枢密院之外，元世祖还曾经设立过总理全国财政的国用使司和治理诸脱里、驸马、投下蒙古及色目人的刑名等问题的大中正府等等。
在地方上，元朝普遍设置行中书省，简称为省或者行省。河北、山西和山东直接隶属于中书省，吐蕃(西藏)由宣政院管辖，其余各地按地域划分为四川、甘肃、云南、江西、江浙、湖广、陕西、河南、辽阳、岭北等行省。行省的长官设置与中书省相同，有左、右丞相，平章政事，左、右参知政事等等。行省之下，设置了路、府、州、县等各级地方行政机构。行省开始是中央派生出的临时机构，后来固定化，成为正式的机构。行省制度的确立，是我国政治制度史上的一项重大变革，是我国行省制度的开端。
1291年，忽必烈正式颁布了《至元新格》，这是元朝的第一部成文法。这部法律是参照唐、宋的法律条文，结合蒙古习惯制定的。在法律当中，公开地宣布实行民族压迫和民族歧视，提高宗教的地位。根据这部法律，佛教的地位提高了，僧侣享有很大的特权。元朝将百姓分为蒙古人、色目人、汉人、南人四种来统治。
除政治和法律外，军事也是忽必烈时期的重头戏。在忽必烈统治的绝大多数时间里，元朝不是对外用兵就是对内平叛，因此，军事制度也逐渐完善起来。应当说，元代的军事制度是在蒙古汗国兵制的基础上日趋完备的。
元朝统一后，世祖下令将全国的军队分为蒙古军、探马赤军(蒙古汗国时期从诸千户中抽调士兵组成，作战时属于先锋部队，后来发展成为屯戍边地的镇戍军)、汉军(由原属金国境内的汉人、契丹人、女真人等组成的军队，又叫做汉诸军)、新附军(新归附的南宋军)等。其中，蒙古军和探马赤军是元朝政治的中心，主要驻防在京师和“腹里”(今河北、山西、山东一带)，而汉军和新附军则驻扎在江淮以南的地区。这种军队编制与法律一样，具有民族不平等的色彩。
四、远征缅甸、日本
至元二十年(公元1283年)正月，高丽国国脱里脱里派遣大将军俞洪慎前往元朝庆贺新春，元世祖欣然接纳。
初八，元世祖下令药剌海率领大军征讨缅甸国。
初十，元世祖打算征讨日本，命令高丽国准备粮草二十万石，以供元军使用。