同月，刘卫辰子直力鞮再率军八九万人，攻魏南部。十一月，拓跋圭率兵五六千设伏于铁岐山(今内蒙古阴山之北)南，大破之，获其器械辎重及牛羊二十余万，直力鞮弃军单骑遁逃。魏军乘胜追击，自五原郡金津(今内蒙古包头市西)强渡黄河，插入刘卫辰境，直逼其都城代来城(今内蒙古东胜县西)。匈奴部众骇乱，刘卫辰、直力堤父子弃城逃走。拓跋圭遣大将伊谓率轻骑穷追不舍，至木根山(今内蒙古五原西)，俘直力鞮，刘卫辰被部下所杀。十二月，魏军于盐池(今陕西定边北)诛刘卫辰宗党5000余人，皆投尸于黄河，刘卫辰少子刘勃勃亡奔薛干部。此战，刘卫辰恃强自傲，终致国破人亡，而拓跋圭则乘其所骄，以少胜多，穷追不舍，大获全胜。从此，河套以南胡族诸部皆降，魏缴获战马30余万匹，牛羊400余万头，实力大增。
刘勃勃亡奔薛干部后，拓跋圭派人索求，薛干部帅太悉伏不应，发誓宁与刘勃勃同亡，把刘勃勃送于没弈干部。登国八年(393年)，八月，拓跋圭南征薛干部帅太悉伏三城。恰逢太悉伏已发兵攻击曹覆，拓跋圭乘虚袭其城，屠之，获其太子及珍宝，迁徙城中居民而还。太悉伏闻之，回师不及，乃投奔后秦主姚兴。
在几年中，拓跋圭除了在军事上取得了一系列的胜利外，还提倡进行农业生产，由于拓跋部的主要生产方式是畜牧业。受汉人影响，拓跋圭便在登国元年开始在盛乐息众课农。登国九年(394)，他还令拓跋仪带领一部分部众从五原到稒杨塞外进行农业生产，以此增强国力。