拓跋圭从燕臣中选之一些有才能的汉人如代郡太守广川贾闰，贾闰从弟骠骑长史、昌黎太守贾彝，太史郎、辽东晁崇等留用外，将其余被俘的人悉数发给衣服粮食放回，以招怀中州之人。时中部大人王建说：“燕众强盛，今倾国而来，我幸而大捷，不如悉杀之，则其国空虚，取之为易。且获寇而纵之，无乃不可乎”(《资治通鉴·卷第一百八》)!拓跋圭认为有理，将余众全部坑杀。
对于拓跋圭的此举，后世褒贬不一。从当时来说，坑杀燕军是有一定道理的，因为当时的燕人都是反覆无常叛的，即使对他再好，也不能得到燕人的心，符坚就是个很好的例子。但此举的负面影响是加强了燕人反抗的决心，为其将来进取中原带来了很大的困难。
参合陂之战，时十六国时期一次著名的战役，拓跋圭在作战中显示了杰出的军事才能，在战前正确判断敌我态势，采取示弱远避，待疲而打的后发制人策略;采取心理战术，动摇、瓦解敌人军心;趁后燕军撤退时勇猛追击，奋力拼杀，终获全胜。从此改变了两国力量对比，后燕日渐衰落，北魏势力则进入中原。
十二月，慕容宝回到中山，耻于参合陂之败，请求父亲再度发兵击魏。慕容德也对慕容垂说：“虏以参合之捷，有轻太子之心，宜及陛下神略以服之，不然，将为后患”(《资治通鉴·卷第一百八》)。慕容垂乃部署兵力准备大举攻魏。
登国十一年(396年)三月，慕容垂留范阳王慕容德镇守中山(今河北定州)，亲自率军秘密出发，越过青岭(今河北易县西南)，经天门，凿山开道，出北魏不意，直指云中(今内蒙古托克托)。北魏阵留公拓跋虔率部落3万余家镇守平城(今山西大同东北)。慕容垂率军至猎岭(在今山西代县东北夏屋山)，派辽西王慕容农、高阳王慕容隆为前锋袭击平城。拓跋虔不备，燕军攻到平城才发现，率军出战，兵败被杀。燕军攻占平城，收编其部落。北魏诸部听说拓跋虔战死，各怀贰心，拓跋圭也一时不知所从。这时慕容垂经过参合陂，见积骸如山，为死亡将士设祭，后燕军哭声震动山谷。慕容垂惭愤吐血，病发，住在平城，不久病重，遂还师，魏国也逃此一难。
四月，燕军至上谷沮阳(今河北怀来)，慕容垂病死，慕容宝即位。
燕军退师后，拓跋圭旋即光复平城。得知燕国易主，他决计进击中原。六月，拓跋圭派王建取广宁，杀太守独孤部首领刘亢泥，徙其部落于平城。同月，魏军取燕郡上谷。七月，拓跋圭改元皇始。
八月，拓跋圭率步骑40余万大举攻燕，南出马邑(今山西朔州)，越句注山，遣左将军李栗率5万骑兵为前驱，派将军封真等从东道出军都关(今居庸关)，袭燕幽州(治今北京市)。
九月，南进魏军在晋阳城外大败后燕名将、并州牧慕容农，攻克晋阳(并州治所，今太原西南)，慕容农只身逃归中山。魏出军都之步骑亦攻克渔阳(今北京市密云西)。拓跋圭取并州后，继续率军东进，直指后燕国都中山。燕王慕容宝修城贮粮坚守中山，派慕容农出兵安喜(今河北定州东南)，作为警戒。一切军务，皆委于赵王慕容麟。