这里还有一个问题需要弄清，即长期以来，对于滞留城内的中国军人是否存在反抗的问题。根据现有的史料可以确定，集体被俘的中国军人，少数也进行了反抗、暴动或试图逃跑。例如，在乌龙山日军第13师团山田支队的屠杀场，就曾发生过万余名被围中国人在日军机枪开火一刹那集体冲击敌军的行为，不幸的是最后他们被外围日军部队全部杀害。不过，从现已公布的中外史料和有关学者的研究来看：在南京大屠杀期间，中国军人的反抗更多地表现为个别、分散和无组织的特点;中国军队在城陷后的撤退过程中进行过一些局部的战斗，但在城陷后最初几周确实没有展开有规模的街巷争夺战。出现这种状况的原因，主要是在12日傍晚唐生智撤退令下达之后，城内守卫部队的任务即转变为保存有生力量。而且由于撤退时中国军队的指挥系统已经崩溃，大多数士兵在南京沦陷后也丧失了战斗意志，在混乱中各自逃散。许多士兵为了求生，脱下军装、卸下武器，换上老百姓的服饰，躲入难民区或者潜入民间。还有一些部队并未丧失战斗能力，也向日军缴械投降。当时的中国军人投降时，以为至多被拉夫或遣散，而对日军的危险性认识不足。因为遵照日内瓦公约，日军应该是不杀俘虏，投降能够求生。在无法顺利撤走的情况下，放下武器是他们可作的选择之一。
