三年半的监狱生活终于结束。面对亲人，杨乃武显得格外平静，可是当看到危难时施以援手的亲人和朋友，禁不住双泪纵横，伏地叩谢。杨家人虽然怨恨小白菜的诬供给他们带来的灾难，但也为她洒下同情的泪。小白菜多想抱住他们痛哭，当看到因自己的诬供几乎丧命的杨乃武，勇气顿失，欲哭无泪。
出狱后的杨乃武赎回了几亩地，继承祖业种桑养蚕，用他的智慧和辛劳培育出名布杭嘉湖一方的“凤参牡丹”优良蚕种。他历尽苦难，正直之心不改，依然帮助乡亲们写诉状，只是写在水石板上，不留痕迹。上海《申报》召他去，曾为惊弓之鸟的他没有去。对于小白菜他怨恨过，但也很快体谅了她，并对她的苦难命运充满了悲悯。身受的这段悲怆冤狱，深深刺痛杨乃武的心，于是写了一本《虎口余生》的书。1914年，他因患疽痈疾去世，终年74岁，埋葬在余杭西门外安山文家弄新庙前，幕前立有一块孝廉书勋(孝廉即举人，书勋乃武字号)之墓碑石，“文革”被一农家抬走，断成两截，1991年6月粘接好立于原位。
走出牢门的小白菜心中充满了迷茫，她对人世间的情感不再留恋，万念俱灰，孤苦无依，她思前想后，只有出家，割断红尘，一了百了。出家那天，邻里董高氏等18位大嫂送她到余杭南门外石门塘准提庵，入准提庵为尼，老尼给她取法名慧定，从此她终日诵经礼佛。
老尼慈云圆寂后，庵里没了香火，靠着养鸡种菜过着清苦生活，然而在小白菜内心深处，对杨乃武的亏欠之情始终折磨着她，她托人写下一张纸条，纸上写着：杨二爷(杨乃武家排行老二，故称二爷)蒙天大不白之冤，人生尽受残酷，遭终生之残，此时此事，终生难忘。均我所故，均我所害，二爷之恩今生今世无法报答，只有来生再报。我与二爷之间绝无奸情，纯属清白，后人如有怀疑，可凭此字条作证。慧定口述，妙真执笔(杨乃武外孙媳郑祖芬《忆小白菜的一张纸条》)。此字条向后人证明了她与杨乃武的清白，并表达了对杨乃武深深的愧疚。