主要谋士刘基后来重病，腹泻得很厉害，大概是胡惟庸等人下毒，于1375年将他毒死。
大将汤和救过朱元璋的命，1390年得中风症，瘫痪在床，不能动弹，让朱元璋很放心，1395年在安徽凤阳去世。
公侯只有两人幸存：长兴侯耿炳文和武定侯郭英。耿炳文逃出了朱元璋的掌心。朱棣发动叛乱后，建文帝命令65岁的耿炳文率军镇压，遇挫后被撤职。朱棣称帝第二年，刑部尚书郑赐、都御史陈瑛，弹劾耿炳文的衣服、器皿上有龙凤图案，玉带用红皮腰带，有谋反的迹象。耿炳文是个老好人，明知朱棣秋后算账，吓得自杀了。
郭英其实罪行也不轻，私养家奴150多人，还擅自杀害其中5人。因为是朱元璋的心腹，放他一马。所以，开国功臣能得善终的，只有郭英一个人。
清代史学家赵翼说，明太祖靠功臣取得天下，天下既定后，尽取天下之人杀之，其残忍千古未有。“雄猜好杀”是他的天性。他也真是伟得太大了。