当过马英九的主考官盼统一后台北文物回京
任台北故宫博物院院长期间，秦孝仪的自我评价是“十八年俯仰无愧于天地”。从1987到1989年，秦孝仪请了四十多名专家，对迁到台北故宫的文物进行了第一次大清点;并促成台北故宫文物赴美、赴法展出。秦孝仪书法造诣极高，自创“秦体”，生前特别推崇北宋苏东坡的“寒食帖”与黄庭坚的“花气熏人帖”，前者是他在院长任内，花100万美元从日本购回台北故宫。
2005年10月，秦孝仪回到阔别六十多年的家乡湖南，展出自己195件诗文书法和文房珍品。“未老莫还乡，还乡须断肠，这就是孝仪迟迟未能还乡的隐痛。”在开展仪式上，85岁高龄的秦孝仪非常动容。谈到台北故宫的文物，秦孝仪表示，它们原本就是从北京故宫博物院运往台湾的，中国统一后应院归原主，归还至北京故宫博物院，希望“一宫国宝分飞两岸”的状况早日结束。
秦孝仪在任内曾主持过国民党中山奖学金的考试，1974年，马英九考取中山奖学金赴美留学，秦孝仪正是他的主考官。马英九说，“没有他(秦孝仪)的培植，不可能出国念书的”。新任台北市长郝龙斌则称，秦的学问及道德“都值得大家敬仰”，郝龙斌夫妇的证婚人就是秦孝仪。