袁世凯召见并安排詹天佑勘测京张铁路后不到一周，就再次上折清廷最高统治者，呈请立即修造京张铁路。折中主要汇报京张铁路款源已落实及解决款项的过程，现在读后仍感其困难程度至大，办事至难。
两份预算差了200万两让慈禧震怒
这中间还有个插曲，使袁世凯很难堪：对京张铁路修造费用，清廷开始得知估价是500多万两，这个数字是英国人金达提供的。金达从唐胥铁路任总工程司开始，一直在中国从事铁路修造工作，和清政府很多重臣及袁世凯的关系很好，京张铁路他曾私自测量过。不知金达是别有用心还是无意将机车车辆等费用没有估算在内。詹天佑实地勘测后提出预算729多万两，是购地、工程、电线、购料和机车车辆等全部费用。袁世凯奏折中将詹天佑的勘测报告一并报上。两个预算相差近200万两。慈禧太后发现后很是不满，提出质疑，追问原由。袁世凯受到训斥，很被动，也很生气。
詹天佑认真查对预算，告知原由。袁世凯只得再次上报，将测量经费等项、地亩土方开山挖洞等项、修建桥梁水沟等项、钢轨枕木等项、站房工厂等项、电线等项、转运材料等项共7项，预算共需572.9万多两;机车车辆购置估约113万多两;四年内员司薪水杂费43.2万多两。逐项详细开列，说明两个预算误差原因：原奏全路工程，通盘估约，“需500万两左右，系据关内外铁路工程司约略估计之数”，“其车辆及员司薪费两项，约需银150余万两，本在原奏专估工程之外。臣等复加考核，所开各项费用，均需核实估计，不致稍有浮滥”。
奏折里提到预算误差原因时，只说系关内外铁路工程司的问题，而没有点英国人金达的名字，担心英国会节外生枝，制造新麻烦。清廷批准后的预算仍不全，袁世凯不敢再申清，他告诉詹天佑，费用不足时，在第一段丰台柳村至南口完工通车后的营业收入中解决，够不够就它了。并要求詹天佑：“从速动工，四年可成。”比预算工期提前2年，京张铁路建设实际工期4年，应该说是落实了袁的要求，这是过去人们不愿提及的。
袁世凯上书挽留詹天佑
1906年7月，京张铁路第一段丰台往北至南口建成通车，即将转入第二段南口至岔道城的施工，这是京张铁路工程最为艰巨的一段。
这时，突然发生一件意外事件，对京张铁路工程举足轻重：广东商办粤汉铁路有限公司成立。粤汉铁路穿越广东、湖南、湖北三省，广东境内粤汉铁路自办。广东商办粤汉铁路有限公司上书清政府，请詹天佑到粤汉铁路任总协理兼总工程司，主持筑路工程。粤汉铁路广东段自广州黄沙码头(今广州南站)沿北江东岸至韶关，长224.2公里。铁路沿线物产丰富、经济发达、商品流通频繁，是清政府粮食和财政收入的重要基地之一。广州又是重要的对外开放港口，吞吐量非常可观，对外交往频繁。因此粤汉铁路广东段无论是从经济地位还是从战略重要性上讲，都是京张铁路不能比拟的。清政府最高决策者对广东的请求似要同意。
广东是詹天佑的故乡，他也很希望到故乡去修路。但他的去留对于京张铁路工程来说乃成败之关键。因为当时主持过铁路修筑的中国工程师只有詹天佑，而修筑京张铁路的工程极其艰巨，还要穿越高山峻岭和万里长城，这都需要詹天佑。
领导京张铁路建设工程的袁世凯郑重上书清廷，挽留詹天佑。他说：京张铁路 “只用华款、华员自造，不允他国人承造”，当今“京张路工，正当紧要，中经八达岭等处，开山凿洞，工程尤为艰巨。所有全路一切布置，悉赖詹天佑精心缔造，一力经营”，如果“调赴粤中，则该路工程即须停办。且再四访求，并就各华员中切实考校，实无熟精路工，堪以接办之员”。他认为詹天佑总理全工，是该路必不可少之员，“惟有吁恳天恩，俯念京张路工较粤路尤为吃紧，准将詹天佑仍留办京张铁路”。詹天佑留在了京张铁路，他建议派京张铁路工程师、广东人邝孙谋任总工程师修建粤汉铁路广东段。
