此外，拖网渔船是近海潜艇真正的麻烦。潜艇专家告诉记者：“许多大流网撒出去有好几公里长，流网由粗大的尼龙绳组成，一旦搅住推进器那真是麻烦大了。”2004年5月11日，丹麦的一艘拖网渔船在丹麦和挪威之间的斯卡格拉克海峡捕捞到一个“巨物”，渔网因无法承受它的重量而破损。事后得知，这艘船打捞到的不是大鱼，而是参加16国海军联合举行的“蓝色博弈2004”演习的德国潜艇。这种致命的遭遇在其他海域也发生过，欧洲每年都有数起事件就是因为捕鱼船的渔网捕到潜艇这种“大鱼”而被拖行数十英里。
此外，随着海上交通日益拥挤，潜艇和近海水面船只的碰撞也不是偶然事件。许多比较繁忙的海上航线都有潜艇活动，由于它们的外壳异常坚固，所以在这类碰撞事件中最大的受害者往往是对方。据报道，在所有涉及英美潜艇的碰撞记录中，约有25%发生在沿岸水域。一名军事专家告诉《环球时报》记者：“在近海水域发生碰撞事件，也与潜艇在水下的作业方法有关。潜艇借助主动声呐能够准确识别自己周围的船只，但是主动声呐会暴露潜艇位置，因此它们往往依赖于被动声呐。而在浅水区域使用被动声呐，意味着潜艇就像瞎子一样，无法感知可能的碰撞。”
