鳌拜虽然是追随皇太极马上得天下的重要军事将领，其他三位辅臣也多次披甲从征，武功赫赫，有较长的军事生涯，但是，除了继续顺治朝以来的统一战争之外，鳌拜辅政时期却没有进行什么咄咄逼人的军事行动，与他们在政治、经济诸方面的作为相比，他们在军事方面的政策和行动却是很有节制的。
辅政开始以后不久，南明最后一个政权永历小朝廷及其支持者李定国部为清军消灭了，康熙二年到三年，鳌拜的弟弟穆里玛等又率军镇压了大顺农民军的余部夔东十三家军。尽管只是继续完成顺治时期的军事行动，但这些行动的后果已足以使鳌拜等采取相对保守的军事政策。夔东十三家军的英勇抗击，一直使统治者心有余悸，“京师中谚语有其事险难者，则曰：‘又上茅麓山耶?’”。但更重要的是由于财政方面的困难——军事开支的浩大，不仅使鳌拜等难以继续进行大规模的军事行动，而且使人民负担极重，不得休息，有可能因此而使辅臣们恢复经济的努力付之东流。于是他们在灭亡了永历政权之后，就急不可待地宣布：“从此大兵得以休息，粮饷不致糜费。宣诏中外，咸使闻知。”基于此，他们在对东南沿海的郑氏政权的行动中，就奉行了一条以防为主，以攻为辅，以抚为主，以剿为辅的路线。
康熙元年，郑成功病死，其子郑经继立，在台湾以及金厦一带与清皇朝抗衡。由于郑成功死后因继位问题而发生内讧，郑氏政权内部矛盾异常激化，许多文官武将都对郑经表示不满。鳌拜等利用这个机会，对郑氏人员诱以高官厚禄，招抚他们降清。如康熙元年十一月，杨学皋来归，授其左都督，加太子太保，“仍给三等阿思哈尼哈番”;康熙二年，郑成功之族兄郑鸣骏被授遵义侯，族侄郑缵绪为慕恩伯，如此等等，不胜枚举。除封赐爵职之外，鳌拜等还重用这些人来打击郑氏政权，以示对他们的信任，如康熙三年命征台湾，统率水师的施琅、周全斌、杨富、林顺、何义等，无一不是郑氏故将。在清政权的“感召”之下，“自顺治十八年九月起，至康熙元年七月止，陆续招抚伪将军、都督、总兵，并副、参、游、守、千、把总等官共二百九十员，兵共四千三百三十四名，家口共四百六十七名”。从康熙元年十月以后到康熙三年十月，较大规模的投降者有十六、七批，其中包括被称作郑经“腹心”、“左右臂指得力之人”的大量官员将领，还包括郑缵绪、郑世袭、郑芝豹生母黄氏、以及郑氏的“子侄眷属”，与他们同来降清的官员不下千余，军队百姓共有十数万，还有大量船只、盔甲器械等物，这就大大削弱了郑氏政权的力量。
鳌拜等乘郑氏政权的内讧，又辅之以攻，派兵先后攻克金、厦、铜山等地。郑经退守台湾。康熙四年，“廷议罢兵”，并派慕天颜赴台谕降，力图和平收复台湾。但郑经却企图裂土割据，“请称臣入贡如朝鲜”，遭到辅臣的拒绝。康熙六年，施琅再请攻打台湾，因“朝议循于招抚”而未果。从此双方对峙，直到十四年后。
鳌拜辅政时期采取的“以抚为主”的统一方针，应该说对恢复经济、与民休息、缓和财政危机都有好处，直到康熙二十一年，大臣冯溥为了“清心省事，与民休息”，还请玄烨“勿轻剿台湾”，继续鳌拜时期的政策。鳌拜等人的上述行动，也取得了积极的效果，为康熙二十二年统一台湾准备了良好的条件。
关于清初几个弊政的处理问题。顺治初年给广大人民的生命财产带来很大危害的劣政，诸如逃人法、圈地与投充、迁海等等，在鳌拜辅政时期虽仍存在，但逐渐有所缓和。 《康熙王朝》的鳌拜
由于迁海政策使沿海居民流离失所，顺治十八年八月，辅臣曾下令对迁海居民“速给田地房屋..使小民尽沾实惠”。康熙四年，山东青、登、莱等处沿海居民“因海禁多有失业”，鳌拜等遂允许“令其捕鱼，以资民生”。康熙七年，两广总督周有德报告当地“沿海迁民，久失生业”，建议于海口“一面设兵防守，一面安插迁民”。此建议得到鳌拜等批准。康熙八年正月，“奉旨尽弛海禁”，这对沿海居民是有好处的。
顺治年间，由于圈地和投充等弊政，迫使大量不甘沦为农奴和包衣的人四散逃亡，顺治十一年“逃人几至三万，缉获者不及十分之一”。清廷便制订了更为严酷的逃人法，除捉拿逃人之外，还严惩窝主，牵连四邻，许多恶棍无赖又趁火打劫，使许多人身家性命难保。康熙三年底，专事缉捕逃人的兵部督捕衙门右侍郎马希纳也指出逃人法之弊害，请求“免提案内牵连之人质审”，以免“牵连多人”。次年正月，鳌拜等历数逃人法之弊，认为“此等株连蔓引，冤及无辜，饿死道途，瘐毙监狱，实属可悯”，下令有关部门制定一个“逃人可获，奸棍不得肆恶，小民不受诈害”的立法。康熙六年，又下令各地政府对骚扰地方的解役和逃人严加管束，如有“同谋挟诈”之事，要治以重罪，对这些解役约束不严的官吏，也要“严治其罪，必不宽恕”。尽管他们把逃人问题看作与本族利益息息相关的问题，而不能根本改变逃人法，但由于注意了它的弊害并试图加以解决，使此时期的逃人问题日趋缓和。顺治年间两次大规模圈地之后，康熙五年，在鳌拜的直接干预下，京畿地区又发生了一次较大规模的土地圈换，这是辅政时期的一大弊政。康熙五年，鳌拜提出，顺治初年，多尔衮为了自己利益，把镶黄旗应得的保定等府好地据为己有，而把正白旗的坏地换给镶黄旗，因此要求“呈请更换”。这一提议遭到正白旗户部尚书苏纳海等人的反对。苏纳海认为“地土分拨已久，且康熙三年奉有民间地土不许再圈之旨”，要求将此议驳回。虽然此事之起是由于八旗内部矛盾所致，但毕竟苏纳海的主张有利于社会安定，也有利于生产的恢复发展。
