10万大军进疆，军粮如何解决?靠内地供应，没有运输工具，远水不解近渴。最后，王震同意了甘祖昌提出的派人到全疆摸情况的建议。甘祖昌把后勤人员分成4个组，走遍了戈壁牧场。20多天后，各组陆续归来，汇总调查情况。甘祖昌向王震汇报说：“有办法了，新疆连续3年丰收，群众把粮食埋在地窖中，不给反动派吃。原因是国民党政府不收他们的羊毛，牧民们没钱买盐和茶叶。我们可以和苏联大使馆商洽，用牧区的羊毛换日用品，解决牧民的生活困难，粮食问题就迎刃而解了。”王震同意了甘祖昌的意见。经过商谈，苏联方面同意先提供一批茶叶、盐、布等日用品，用羊毛偿还。甘祖昌把后勤人员分成很多小组，用银元、人民币和日用品收购牧民的羊毛。牧民们发现他们用同等羊毛换得的实物，比国民党统治时多一两倍，于是便纷纷拿出粮食来换日用品。这样，不但顺利解决了10万大军的口粮问题，而且密切了人民军队和新疆各族人民之间的关系。
正当甘祖昌为建设新疆日夜奋战的时候，敌人的魔掌却暗中向他伸了过来。1952年春，他到郊区检查工作，途经一座30余米长的木桥，由于桥板被歹徒锯断，甘祖昌乘坐的车子翻到河里，甘祖昌身负重伤。经过一个多月的精心治疗，他外伤痊愈，却留下了严重的脑震荡后遗症。
1953年以后，甘祖昌的脑震荡后遗症越来越严重，经常昏倒，1954年到庐山疗养治病，仍不见好转。
1955年他被授予少将军衔。在开国将军授衔仪式上，他穿着将军服，神采奕奕，但回家后却对妻子说：“我做的工作太少了，组织上给我的荣誉和地位太高了!”此后，他不止一次向组织上写报告：“我自1952年跌伤后，患了严重的脑震荡后遗症，不能再做领导工作了。但是我的手脚还是好的，请求组织上批准我回江西农村去，我愿为建设社会主义新农村做贡献。”当时，他的请求没被批准，1957年他又一次写申请，这年恰逢总政治部副主任萧华到新疆检查工作，他当面向萧华提出申请。最终，组织上批准了他的回乡请求。
