从内心来讲，蒋介石也是主张放弃南京的，因为即使日军占领南京，在战略上也没有任何实质意义。但由于9。18事变以来，蒋介石一直被贴上不抵抗的“恐日病"标签，蒋介石害怕下令不战而放弃南京，又会被社会舆论和他的政敌指责为投降和卖国。所以蒋介石希望在南京进行一下象征性的短期抵抗，以应付社会舆论。但唐生智的充满爱国激情的死守南京建议，在道义上尽占上风，使蒋介石不得不同意唐生智的死守南京作战计划。死守南京的作战计划造成了后来南京军民的重大伤亡，是南京大屠杀的契机。
当时日本政府并没有发动进攻南京的计划，日本政府和军部本来准备让在经历了3个月艰苦作战和巨大损失的日军“凯旋归国”。1937年11月7日，日本参谋本部向上海派遣军的松井司令和第十军的柳川司令发出的命令是：“扫荡上海附近之敌，追击的战线为苏州、嘉兴以东”。可是当时日军中的狂热军官并不肯就此停战，“下克上”的现象再次出现。11月15日，第十军召开了柳川司令临席的军团扩大会议，在会上血气方刚的年轻军官提出了第十军单独进攻和占领南京的疯狂计划，最后会议达成决议：“全军独断敢行，全力向南京方向追击。”有人提出粮草和弹药的补充如何解决，狂热的军官们说：“粮草不足就现地解决，弹药不足就打白刃战。”
陆军参谋本部的参谋次长多田骏中将，11月20日非常吃惊地接到第十军已擅自向南京进军的情报，多田次长当即下令第十军停止进军，但没有任何效果。11月22日，多田又接到上海派遣军松井司令打来的电报：“为了尽快解决事变，要求军部批准向南京进军和占领南京。”原来松井率领的上海派遣军看到柳川率领的第十军向南京进军，按捺不住争功的心情也开始向南京进军。上海派遣军和第十军就象在运动会上争夺第一名一样，开始争先恐后地向南京进军。多田次长等不扩大派本想阻止对南京的进攻，但参谋本部的少壮派军官也是攻占南京的积极支持者，在参谋本部的会议上少壮派军官们高喊：“南京!南京!”。最后参谋本部不得不在11月28日批准占领南京的计划。
二、南京保卫战与南京大屠杀
守卫南京的主力是刚从上海前线撤退下来的蒋介石的最精锐部队三十六师、八十七师和八十八师，以及由军事学院学生组成的教导总队(1万2千余人) 。三十六师、八十七师和八十八师在上海战役中人员损失都已过半，士兵的大多数都是临时补充的新兵。由于中国没有预备役的征兵制度，这些新兵都是从农村临时召集或强行抓来的壮丁。这些新兵完全没有受过基础的军事训练，使三个主力师的战斗力大打折扣，只有教导总队有较强的战斗力。
1937年11月20日，国民政府宣布迁都重庆。1937年12月1日以后，南京的政府机关已全部撤离南京，蒋介石夫妇也于12月7日飞离南京。在国民政府撤离前举行的中外记者招待会上，唐生智司令悲壮地发誓要和南京共存亡。南京的行政机构撤走后，将南京的行政责任委托给由德国人拉贝为首的十几个西方人组成的“国际委员会”。“国际委员会”在南京设立了一个保护一般平民难民的安全区。
