这次美军加强在菲律宾的军事部署，不仅加剧菲律宾在南海“主权”争执上与中国的对抗性;也令整个南海问题变得更为复杂，为中国在亚洲崛起增添更多障碍。
奥巴马这次亚洲四国之行，就推动《跨太平洋战略经济伙伴协定》未获寸进，在日本和马来西亚都无功而还，唯一在访菲最后一站，与菲律宾签署了新防务合作协议，获准在菲律宾的海军和空军基地重新驻扎美军，可算是此行最大的战略收获。
很显然，美国重返亚太，是以军事部署先行，其中加强与菲律宾的军事关系，动作相当显眼。这次两国所签署的《加强防务合作协议》，意味着在亚太战略再平衡下，美国作出了一次具体的军事部署调整，并利用各“主权声索国”与中国在南海争端的磨擦和矛盾，为介入地区事务拓宽更大的战略空间。
美军在1992年撤离菲律宾后，如今重新把精锐兵力驻守菲律宾，强化军事存在，并利用“主权”和海洋权益争端来牵制中国在区内的影响和军力扩张，难免令各“主权声索国”重新调整角逐海洋权益的战略，使南海问题更加复杂;同时也为区内军备竞赛推波助澜，使东亚地缘政治局势更为动荡。
菲律宾在南海替美国强出头能得到啥?
说这话可能有人又会不服气，说菲律宾在南海与中国岛争干美国屁事?哎，这事呀，真与美国相干!前不久，美国总统奥巴马先后到达日本和菲律宾访问站台后，菲日均得到了美国协防的公开承诺，所以，菲日今天才这么猖狂。加之越南也得到了美国“秋天送的菠菜”，心里也有了底气。5月6日至7日，菲律宾和越南先后在南海制造事端，不给中国一心发展以安宁的外部环境。尤其是菲律宾海警还非法扣押我在南海半月礁海域正常作业的渔船及11名渔民。其行为极其嚣张。
对此，中国外交部发言人华春莹7日强调，中国对包括半月礁在内的南沙群岛及其附近海域拥有无可争辩的主权，目前中国海警船已经赶到事发现场，中方要求菲方对此给出合理解释，并且立即放人放船。中方也再次警告菲律宾方面不要采取任何挑衅行动。
国内专家分析说，菲律宾制造事端既有政治目的，也有“强化南海防御”的具体考虑。海南琼海潭门渔业协会会长丁之乐在接受《中国青年报》记者采访时也呼吁，政府应该进一步加大对南海的护渔力度。