不料，曾国荃对率兵援沪却是百般不满，因为他一心要争夺攻克“天京”的头功，于是采取种种办法违抗兄命，拒不放弃进攻“天京”而援兵上海。无论老兄曾国藩如何三番五次再三再四地催了又催，老弟曾国荃就是迟迟不动身，无奈之下，曾国藩只得改变计划，仅派李鸿章率淮军前往。这样，李鸿章就由“辅”变“主”，对他来说，这可是改变一生命运的关键一步。
1862年4月初，在曾国藩湘军的支持下，李鸿章率刚刚练成的淮军乘船东下抵达上海;这月底，就奉命署理江苏巡抚，几个月后便实授江苏巡抚。之所以能如此一帆风顺，端赖曾国藩保举。就在李鸿章于1861年12月赶回家乡办团练时，曾国藩接进行谕旨，奉命调查江苏、浙江两省巡抚是否称职胜任。曾国藩在复奏《查复江浙抚臣及金安清参博士学位折》中称这两省巡抚均不称职，指责江苏巡抚“偷安一隅，物论滋繁”，“不能胜此重任”，并附片奏保李鸿章不仅“精力过人”，而且“劲气内敛，才大心细，若蒙圣恩将该员擢署江苏巡抚，臣再拨给陆军，便可驰赴下游，保卫一方”。以曾氏当时的地位，他的意见不能不为朝廷重视。因此迅速任命李鸿章为巡抚同时身兼通商大臣。
对曾国藩而言，此事是将地位重要的江苏行政权力纳入了自己的“势力范围”，使当地的“军政”和“民政”实际统归自己，解决了困扰自己多年的“军队”与“地方”的矛盾。对年近四十的李鸿章而言，此事使他成为朝廷的一员大臣，虽然从官制上说仍是两江总督曾国藩的属下，但已摆脱了曾国藩“幕员”身份，顿时豪情万丈，其一生事业“由此隆隆直上”。当然，李鸿章也知道这完全是曾国藩对自己的“栽培”，所以立即致书曾氏深表感谢：这都是您对我多年训练栽培的结果，真不知如何报答，“伏乞”您从远处赐予批评指教，以免我犯错。
近代中国的历史大势证明，“华洋杂处”的上海在近代中国的地位越来越重要;“洋人”在中国政治中起的作用越来越重要。谁能掌控上海，谁就财大气粗;谁能与“洋人”打交道，谁就举足轻重。正是在防卫上海的过程中，李鸿章开始了具体与“洋人”打交道的漫长生涯，也因此他后来才能在政坛上超过“湘系”成为近代中国最重要的权臣。
显然，就个人权势隆替而言，当时“防卫上海”要比争得“克复天京”的“头功”重要得多。可惜曾国荃拒不赴沪而失此“良机”，足见其昧于历史大势。更能说明曾国荃短视的是，当他九死一生夺下“天京”后，连夜上奏报捷，结果不仅没有得到清廷的奖赏，反而被清廷严厉斥责。朝廷降谕指责他不应在破城当日夜晚返回雨花台大本营，责备他应对上千太平军将士突围负责。不久上谕又追查天京金银下落，命令曾国藩查清追回上缴。清廷的谕令对曾国荃毫不客气，点名痛道：“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。”实际提醒曾氏兄弟如不知进退，将“勋名”难保、不能“长承恩眷”，暗伏杀机。鸟尽弓藏、兔死狗烹是中国政治传统，曾氏湘军以一支私人军队如此功勋卓著，清廷不可能不对其高度警惕、一定要将其裁撤而后安。显然，对曾国荃来说，当时他的最佳选择应该是去“协防”上海得到实际利益，而将“克复天京”的头功让与他人。但正是曾国荃对历史大势的短视，恰恰成就了李鸿章以后“宏图伟业”。
