这架波音—747飞机的此次飞行有许多奇怪之处。从安克雷奇起飞时，飞机补充了4吨燃油，而飞往汉城根本用不了这么多燃料。此外，飞机起飞时间延后了40分钟，结果当它飞临苏联边界时，美国的侦察卫星正好抵达堪察加上空。特列奇杨科说：“我们当时已发现，飞机在向卫星发送密码文件。另外还有一点使我产生怀疑。我们在附近部署有两个导弹营，而飞机刚好从二者之间的缝隙中穿过，谁都打不到它。”
据当时的歼击机飞行员奥西波维奇中校回忆说，起初他想让波音飞机迫降，并发出了国际通用的信号。随后他开炮射击以示警告，炮弹从波音客机前方呼啸而过，炮口喷出的火舌在地面上都清晰可见。但对方先是毫不理会，然后突然加速逃跑。奥西波维奇紧追不舍，在得到击落对方的命令后发射了导弹。不过他说：“我只是击伤了波音飞机，并没有击落它。我亲眼看着它飞离现场。”
下达开火命令的是航空师师长阿纳托利·利尔努科夫少将。他说：“波音—747客机装备了现代化导航设备，它大大偏离了航线，为什么机组人员却不知道?也没有能够及时修正航向?为什么机组人员对歼击机发出的信号和警告性射击毫无反应?美国和日本的地面监控人员为什么始终没有采取任何措施，纠正波音飞机的航向错误，坐视悲剧发生?为什么不与苏方联系，告知必要的数据?”
这里还有一个问题：苏联领导人当时在哪里?为什么击落客机这样一个生死攸关的决定来自一位师长?原因很简单：当时苏共中央总书记安德罗波夫正躺在医院里，他的保镖亚历山大·科尔扎科夫中将回忆了当时的情形：“那天我守在安德罗波夫身边，寸步不离。那时他时常做血液透析，已经奄奄一息、康复无望了。乌斯季诺夫(当时的苏联国防部长)突然打来电话，想和他商讨韩国客机一事。但他感觉很不舒服，谁也没敢去打扰。乌斯季诺夫自己不敢擅作决定。总参谋长奥加尔科夫也不敢下令击落飞机。外交部、国防部和克格勃都在等着上面的指示。最高领导层实际上已陷入瘫痪状态。”
这架波音—747飞机上到底有多少人呢?打捞情况表明，机上乘客最多不超过29人。可是为什么有269人的行李呢?而且奇怪的是，这些行李都被串绑在了一起。特列奇杨科认为，此举的目的显然是为了防止水流将行李冲走，这样就可以证明共有269人死亡。而这些乘客在安克雷奇机场起飞前就离开了飞机。
参与调查此事的多个国际委员会都承认，苏方的做法是符合国际惯例和国际法的。没有人对苏联正式提出指控。苏联也没有给予受害者家属任何赔偿。
叶利钦后来访问汉城时，曾正式向韩国道歉，并隆重地将那架波音客机的两个黑匣子交给了韩方。但令韩方大失所望的是，黑匣子是空的，因为俄罗斯总统办公厅主任彼得罗夫当时递给叶利钦的就是两个空匣子。叶利钦得知此事后大怒，当即将彼得罗夫解职。而黑匣子里的胶片却因此留在了俄罗斯，人们等待它能够重见天日。