道义之交
总的看来，在北大期间，吴虞和周作人的关系只是一般同事，君子之交淡如水，没有太深的交往。但后来发生的一件事情，让两人的关系有了一些变化。这主要是周作人在这件事情上，给了吴虞一些道义上、精神上的切实帮助，让吴虞对周作人产生了新的认识，心存感激。
事情的经过是这样的。吴虞当时是孤身一人厝居北京，家眷都在四川老家。孤枕寂寞，免不了常常出入妓院，一来二去，就和一名叫娇玉的妓女打得火热，还曾考虑过纳她为妾。吴虞当时给娇玉写了不少诗，公开揭载于报章，引起了社会上一些人的不满。后来(1924年4月29日)就有化名“XY”的人在《晨报》发表文章《孔家店里的老伙计》，抨击吴虞的这种行为，嘲讽吴虞不是打孔家店的“老英雄”，而是孔家店里的“老伙计”，为娇玉作的27首诗是“肉麻的歪诗”，“淫秽不堪”，并连带攻击吴虞的其他文章。
这引起了吴虞的愤怒，于是他草拟了八条回复，征求同事的意见。同事当中，周作人、沈士远认为可以回复一次，以后不要再理，马叙伦则认为不必回复。吴虞采纳了周作人、沈士远的意见，将八条回复在5月2日的《晨报》上公开发表，平息了这一事端。关于这件事，1924年4月29日的日记中有这样的记载:“今日《晨报》，又有一篇，由诗单而攻击《文录》与《朝华词》，语多诬诋轻薄，而实不学无术之狂吠也。因书八条复之，示周作人、马夷初、沈士远，作人、士远言可答复一次，以后即当置之不理，不然终无说清之一日……”八条答复后来刊出，文末有吴虞的特别标注:“此启曾示周作人马叙伦诸先生思想清楚者”。将周作人等称为“思想清楚者”，显然表明了吴虞对二人在这件事情上给他的支持是心存感激的。
周作人失节
1925年离开北大后，吴虞与周作人便基本上失去联系，断了往来。但吴虞仍然在遥远的四川关注着这位旧日同事的动向。1929年7月22日，吴虞在日记中写道:“郑宾于来，云……钱玄同、周作人均仍在北大”。抗战爆发后，周作人附逆叛国，吴虞虽偏居一隅，也知道了这个消息，并在日记中有所反映。1938年2月29日，吴虞在日记中写道:“晨至沙利文看马叔平，云钱玄同得神经病，活不久长。周作人恐被日本人利用”。四月初九日，他又写道:“今日报，周作人、钱稻孙等，武汉文化协会严电申讨。有照片赫然，言论俱在，当非枉诬。诚我文化界之耻辱，亦国民之败类，应请援鸣鼓而攻之意。声明周作人、钱稻孙及其他参与所谓更生中国文化建设座谈会诸汉奸，应即驱逐出我文化界以外，至汉奸通敌叛国之罪责，俟诸政府明正典刑可也”。
显然，对这位昔日同事的附逆之举，吴虞是深恶痛绝的。上一则日记中提到的事实是，1938年2月9日，周作人在北京饭店出席日本《大阪每日新闻》社召开的“更生中国文化建设座谈会”。会后，《大阪每日新闻》刊发了会议消息，并随发了会议参加者照片，周作人长袍马褂，“跻身于戎装的日本特务头子与华服、西装的汉奸文人之间，露出一副飒然自得之态。”5月14日，《抗战文艺》发表了茅盾等十八位作家联署的《致周作人的一封公开信》，公开谴责他的投敌行为，“照片分明，言论俱在，当非虚构”。希望周作人能回头是岸，参加抗敌救国活动。
《吴虞日记》中最后一次提到周作人是1944年阴历2月22日:“(马)季明言:钱稻孙任北大校长，李石曾在美洲，沈兼士在重庆。周作人投日本，出门汽车有卫兵开道”。此时离抗战胜利，只有一年多的时间了，而吴虞本人，亦是一位72岁的垂暮老人。
日月流转，世事如白云苍狗。吴虞和周作人，这两位曾经在五四新文化运动中并肩战斗、共创新生面的“同路人”，随着时间的推移，却呈现出各自不同的生命形态:一个归隐田园，一个却走上了背弃民族大义的不归路。他们所走过的道路，实在值得后人深思。