目前看，台湾方面罕见摆出强硬姿态，使菲律宾政府的态度从最初的“狡辩、拒不道歉”逐步转向“ 有限度退让”。尽管台湾派往菲律宾的调查小组无功而返，但面对“高压”，菲律宾政府又已提议双方进行“平行调查”。此外，菲律宾海岸警卫队也已将11名涉事队员停职检查，相当于“软禁”。
菲律宾恐难“全面服软” 分析人士指出，尽管菲律宾的态度较先前有所缓和，但菲律宾恐难轻易对台“全面服软”，台菲仍将就此展开长期拉锯战。
菲律宾《马尼拉公布栏报》就透露， 菲律宾单独进行的调查倾向于认为自己“无明显过错”，而且菲律宾总统府发言人16日声称对台的制裁“已做出格外让步”，外界解读这是菲在暗示台应“适可而止”。台湾部分媒体认为，马当局的制裁措施是“双刃剑”，尤其台在对菲经济交流中处于贸易顺差，而且菲律宾游客对台也有不小拉动作用，因此其关于停止经贸及农渔业方面的交流及停止对菲免签等做法，可能会“伤菲一千，自损八百”。更重要的是，美国在事件发生后一直不对菲做出任何谴责言辞，只呼吁台菲和平处置，明显有纵容菲方的嫌疑。
对于台菲未来交涉可能进展缓慢，岛内舆论指出，出事渔船是“中华民族的‘广大兴’号”，台湾当局刻意与同仇敌忾的大陆方面切割，想与菲律宾单打独斗，恐怕难以取胜、讨回公道。