自菲律宾总统派出私人代表赴台表达歉意以来，台湾方面不满菲律宾缺乏诚意的道歉。连日来，马英九当局对菲施压可用“渐强”来形容。
5月15日，台“行政院长”江宜桦称，菲律宾虽然已发出声明表示遗憾与道歉，但同时将台船长身亡归咎为“ 疏忽射击而致非意料中的生命丧失”，对此台方“完全无法接受”。因此，马当局在当日便成立“对菲律宾制裁措施应变监督小组”，计划再制定第三波制裁措施。
马英九在16日晚间再次表示，“除非菲方善意回应，否则制裁措施仍将持续，并且不排除实施第三波制裁”。江宜桦更明确指出，若采取第三波制裁， 将包括“断绝台菲航线、持续在南海海域实施实弹演习”等手段。他还呼吁台湾民众不要对目前在台工作的菲律宾人有敌对行为。此外，台湾“观光局” 16日起禁止台旅行社组团赴菲律宾，否则将开罚1万到5万元新台币。据估算，已退费旅客超过三成。
分析人士指出，在台湾当局的诸多制裁措施中，对菲起到最大震慑作用的是冻结办理菲律宾劳工到台工作申请。