台湾政府也保持着对菲律宾的高压态势。据台湾今日新闻网报道，马英九16日在出席“世界国际法学会亚太论坛”时，再次呼吁菲律宾政府必须正式道歉，赔偿损失。他同时表示，菲律宾的行为，没法被文明国家所容忍。中广新闻网称，台湾15日启动对菲律宾的第二波抵制动作，其中之一是对菲律宾停止贸易交流活动。台“经济部长”张家祝16日明确表示，在符合世贸组织的规则之下，现在已中止台菲之间所有的官方和非官方的参展、招商、邀访和会议与技术交流活动。
“菲律宾公务船冷血枪杀我渔民，菲国政府却大玩拖延战术，始终不愿真诚道歉与赔偿，终于迫使马政府硬起来，祭出中华民国迁台后，针对单一国家最严厉的外交制裁。”台湾《中国时报》16日这样评论台当局的强硬举措。作为菲律宾总统阿基诺三世个人代表的马尼拉经济文化办事处主席佩雷斯由于授权不足被台湾“外交部长”林永乐拒见后，16日与菲“驻台代表”白熙礼一道回国。台湾“中央社”称，佩雷斯透过民间渠道向屏东琉球乡长蔡天裕表达要到小琉球向“广大兴28”号渔船遇难者家属致意，也遭家属及蔡天裕拒绝。
菲辩称已经额外让步
不过，台湾的强硬并没有对菲律宾奏效。无论官方表态还是媒体报道，似乎并没把台湾大张旗鼓的制裁当回事。据《马尼拉公报》报道，菲总统府发言人陈显达16日下午辩解称，马尼拉经济文化办事处主任佩雷斯已经转达了阿基诺总统的道歉，不过台当局拒绝了道歉。陈显达说：“我们做了一个体面、受尊敬的国际社会成员该做的事。我们已经额外让步。”他还表示，在菲总统道歉的情况下台湾仍对赴菲旅游发出红色警告对双方都无益，“禁止台湾人来菲不仅伤害我们，双方都会受害，这么做任何人都没好处”。 台湾“中央社”评论称，菲总统府的话暗示菲国对台湾要求的响应可能到此为止。
