加强日菲伙伴关系也能有助于菲律宾将南海问题国际化，菲律宾一贯喜欢在对抗中国问题上寻求盟国的支持，包括美国这个传统盟国。马尼拉最近向国际仲裁法庭提交了与中国的主权争议问题，但是中国坚持只有通过双边谈判才能解决问题，并强烈谴责了菲律宾的行径。
中国同样察觉菲律宾构建日菲同盟的巨大威胁。日本作为世界第三大经济体，未来将对阿基诺政府的经济发展产生巨大影响。虽然中国是东盟的最大贸易伙伴，但日本才是菲律宾最大的贸易伙伴，双边贸易额去年已达130亿美元，同时也是菲律宾最大的出口市场和主要投资国，2012年，日本投资占据菲律宾所获总额15亿美元的35%。
与前任阿罗约总统不同，阿基诺不太愿接受北京的诱惑，甚至取消了阿罗约与中国签订的一些合作项目。菲律宾也在快速偿还北京的优惠贷款，同时日本在扩大对菲政府开发援助(ODA)，支持阿基诺政府建设马尼拉地铁和机场等高额基建项目。日本还向菲南部棉兰老岛注入ODA资金，帮助阿基诺对抗菲最大的反政府组织“摩洛伊斯兰解放阵线(MILF)”。日本是菲当局与“摩洛伊斯兰解放阵线”和平谈判两大组织“国际监督小组”和“国际联络小组”的成员。
中国对日菲合作的态度将最终决定这种战略合作的深度，同时，菲律宾国内因素也将决定日本的软实力能施加多大影响，对马尼拉而言，日菲双边关系已经从陈词滥调和花言巧语发展到真正的军事和经济援助。