安倍第二次任首相后，日本正在享受美国重返亚太的战略，加之马尼拉渴求地区联盟加强国防实力，所以在东京的战略重组中占据了一席之地。
日菲联合是对北京在东海和南海自信的反应，中日钓鱼岛争端已经成为地区安全新热点，日本宣称遭到中国军舰火控雷达的照射。经过几周的海上对峙后，中国已经实际控制了菲律宾号称拥有主权的富含油气资源的黄岩岛。
2013年1月，日本外相与菲律宾外交部长在会谈中表达了对中国自信的“共同关心”。菲律宾政府表示，为平衡中国在亚太的力量，将坚定地支持日本修改和平宪法，菲律宾总统阿基诺表示强大的日本可以挑战中国的地区威胁。
专家认为新巡逻艇将在18个月内交付，提升菲律宾落后的海军实力。虽然这些舰艇不能改变南海的力量平衡，但是能够唤醒菲律宾的海洋领土意识，帮助日本实现在中国南海的战略目标。装备精良的菲律宾海岸警卫队无疑将帮助日本在南海监视中国，对日本而言，中国在南海问题上的处理方式可能暗示在钓鱼岛问题上的态度。
同时，日本乐于看到菲律宾在主权争议问题上部署更多可用的舰艇，致使中国海监机构在东海与南海之间分散注意力。加强菲律宾羸弱的海军能力也有助于保护南海的航行自由，这对于日本海上交通有所帮助。