他加强对内外官员的监督，尤为重视都察院和御史的作用。他以“都察院为朝廷耳目官”，一再申饬：“上自诸王下至诸臣，孰为忠勤，孰为不忠勤，及内外官员之勤惰，各衙门政事之修废，皆令尽言”，“分别参奏”。与此同时，还向各地派出大量御史，作为皇帝的“耳目”以“简任巡方”，“察吏安民”。他还下令满汉官员互参，即互相监督，“如汉官玩误，满官据实奏闻;如满官执延，汉官亦据实奏闻”。
福临加强对官员的控制，不许结党结社，不许太监预政。他有惩于明末士人结党、太监干政的祸国，多次严令“内外大小官员，各宜恪守职掌，不许投拜门生。如有犯者即以悖旨论罪”。他认为投拜师生即为结党，后竟定为不赦之罪。他严厉惩处“贿买关节，紊乱科场”的考试作弊行为，屡兴科场狱案。他严禁私交、私宴，他认为如此行事便可以“永绝朋党之根”。顺治十年六月下令禁太监预政，设十三衙门专为“宫禁役使”，“不许(太监)干涉一事，不许招引外人，不许交结外官”。“如有内外勾结”，“审实一并正法”。十二年六月命立十三衙门铁牌，上刻敕谕严申不许中官干政之条，如有“窃权纳贿，嘱讬内外衙门，交结满汉官员”等事“即行凌迟处死”。为了锻炼官员，他还实行官员内升外转的办法。十年四月他谕吏部说：“国家官员内外互用。在内者习知纪纲法度，则内可外;在外者谙练土俗民情，则外亦可内。内外敭历，方见真才。”福临认为“治国安民首先严惩贪官”。他对贪官深恶痛绝，惩处贪官成了他清澄吏治的重要一环。他严惩了一些贪官，如首先迎降的恭顺侯、漕运总督吴维华，以贪一万余两，虽因有功免死，却“革职，永不叙用，赃追入官”。他三令五申告诫大小官不可贪赃身败，但收效甚微，贪赃枉法者仍然接连不断。福临寄予最大希望的耳目官巡方御史也接连以身试法。如顺天巡按顾仁出巡前，福临两次召见，谕其“洁己率属，奠安民生。若不法受贿负朕委任，则不拘常律，虽赃数无多定行正法”。可他到任之后即悖旨贪婪，索取贿赂，陷害无辜，造成受害人冤抑难申刎颈叩阍这一轰动一时的大事件来。此事对福临震动很大，他除了杀掉顾仁并处罚一应干连人等外，还下令：“贪官蠹国害民，最为可恨”。“嗣后内外大小官员凡受赃至十两以上者，俱籍其家产入官。”立法不为不苛刻，但仍然止不住贪官恣肆。十四年七月福临很赏识的原巡按御史刘嗣美也因“监守自盗”被流放。十五年十一月江南按察使卢慎言“贪赃数万”被处极刑。面对“贪习犹未尽改”的现实，福临愈加恼火，他下令：“今后贪官赃至十两者，免其籍没，责四十板流徙席北地方。”“衙役犯赃一两以上者流徙”。于是有的大臣上奏认为此法“过重”，致使“人犯抵死不招”。刑部等衙门也会议奏请“今后衙役亦照官律拟罪”。福临仍然不以为然，他说：“与其畏法不招，何若使其畏法不贪!”“朕明知立法既严，于贪官蠹吏有所不便，必怀怨心，但轸念民生，即为贪蠹所怨，亦不遑恤。若不如此，贪风何由止息!”所奏与所议“俱属不合，着严饬行!”福临非常欣赏与佩服朱元璋诛戮大臣，以重法治世的经验。他惩贪决心坚定，无奈事与愿违，惩贪与澄清吏治的其他问题一样，终顺治一朝，也未能解决好。
稳定社会
福临在稳定社会经济方面进行了一系列的努力。清入关之初，虽然公布以明朝会计录征收赋税，但战乱之后，地荒丁逃，赋无所出。再由于连年用兵，国库耗支巨大，已入不敷出。福临亲政时各直省钱粮缺额已至四百余万两，“赋亏饷诎”，出现了严重的财政困难。福临认识到“兵饥则叛，民穷则盗”的道理。为稳定好社会经济，他采取了一些措施，比较突出的有鼓励垦荒等政策。