顺治九年十二月在京查获一起“元凶巨盗”李应试案。李应试又名黄膘李三，原系明朝漏网重犯。投降清朝后，他“交通官吏，打点衙门，包揽不公不法之事，任意兴灭，甚至文武官员多与投刺会饮，道路侧目，莫敢谁何”。他“盘踞都下多历年所，官民震慑，莫敢撄锋”，只“因别事发觉”，才罪状暴露。但鞫审之日，“诸臣畏不敢言。”大学士宁完我、陈之遴也“默无一语”。在奉命审理此案的济尔哈朗诘责下，陈之遴说：“李三巨恶，诛之则已，倘不行正法，之遴必被陷害。”陈名夏上奏说：“李三广通线索，言出祸随。”这确是一起非同小可的大案要案。但福临除将李应试等首要几个人正法外，其兄弟子孙亲戚等，皆免拿问，不加深究。当籍没其家时“得缙绅名札甚多”，福临也一概“不问”。这在善搞株连，动辄兴起大狱的清初来说，确是一个奇怪的例外。而在此案暴露之前与之后竟没有一个汉臣和言官对此发出只字议论。为何如此呢?原来李应试有一种特殊本领：“事诸王贝勒等得其欢。时汉官疏隔，冀通肺腑，并藉径应试交关请托，势倾一时。”他是与满洲当权的王贝勒有密切关系之人，汉官不是一律畏李而是一律畏满。这是畸形的心理，是清初满洲贵族特权所造成的一个严重问题。这是满洲王贝勒勾结恶人作恶的一起大案，它的存在本已危及帝国，但福临由于维护满人，所以也就见不及此，福临不加深究，黑幕究竟如何也就无人敢揭、无从知晓了，当然也谈不上从中吸取应有的教训。
十五年五月又发生了一起总督自杀事件。十四年年底福临因孙可望于洪承畴军前投降，特封其为义王。十五年年初特命满洲学士麻勒吉为使，专程前往赍送敕印，并偕其来京。当返回途中，直隶、山东、河南三省总督张悬锡迎接于顺德，遭到麻勒吉凌辱，斥其“失仪”。“始而倨傲之不与见，既而鄙薄之不与坐、不与言，侮辱情状，诚所难堪”。后又言“我们到南边，洪经略差人远接馈遗，日日来见，何等小心。”还明言索贿，要求“馈送驼骡”。张悬锡以贿赂、党与为朝廷首禁之条，拒不纳贿，但又虑以后难熬，因愤极自刎未遂。福临得报后斥责张悬锡“殊失大臣之体”，降三级调用。“以听勘诣京师，居僧寺”。福临令大臣往勘取口供。张悬锡不敢尽吐实情，质审诸臣亦“瞻循麻勒吉等，不行详察”。福临遂令吏部详察议奏。张悬锡在说出真象后，便于僧寺自缢身亡。麻勒吉公然索贿竟致总督以死，按福临一再强调的命令是要遭到严惩的。九卿科道会议遂议麻勒吉应革职、籍没家产并鞭一百为奴。议上，福临下令“麻勒吉革去所加之级，再降二级，仍留原任”。这等于没有处分。福临竟如此同自己开玩笑，自乱章法，显然他是把满洲贵族作为法外之人。
刚愎任性
福临有胸怀大志富于进取的气质，又存在着浮躁易怒、任性放纵的顽症。顺治八年二月皇太后告诫皇帝的谕中有“惩忿戒嬉”，这是母知其子，可谓说到了病根。后来和尚木陈忞说他“龙性难撄”，茚溪森说他“生平性躁”，看法都是一致的。
