他深悉蒙古西藏笃信喇嘛教，“惟喇嘛之言是听”，因而奉行自皇太极以来宠幸喇嘛的政策。顺治初年多尔衮摄政时曾遣官往请五世达赖喇嘛赴京，达赖应允辰年即顺治九年(1652)前来。福临亲政后遣官再请，同时特于北京建西黄寺一座，预为达赖到京下榻之用。五世达赖奉召即率三千喇嘛浩荡前来。福临准备亲自离京赴边外迎接，以示优隆，由于大学士陈之遴、洪承畴等谏阻，才改派大臣往迎。十二月达赖到京“进献马匹方物”，福临特于南苑接见，“赐坐，赐宴”。十年正月又宴赏于太和殿，同时命诸王“依次设宴”达赖一行。二月，达赖因水土不服辞行，福临再次宴赏于太和殿，命郑亲王济尔哈朗等于清河饯行，命和硕承泽亲王硕塞等率八旗官兵护送返藏。四月遣官赍金册金印赐五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。
澄清吏治
吸取明王朝灭亡教训，澄清吏治，是福临亲政期间考虑最多、也最伤脑筋的问题。他有惩于崇祯帝的不幸遭遇，他认为朱由检“励精图治，宵旰焦心”，“孜孜以康阜兆民为念”，是很想有一番作为的帝王，但因“有君无臣，孤立于上，将帅拥兵而不战，文吏噂沓而营私”，终于造成“国势莫支”，国破身亡的悲剧。他为稳坐天下，亟力寻求长治久安之策，一再向臣下求言。顺治十年正月特召大学士陈名夏“问天下何以治，何以乱，且何以使国祚长久?”以及“得人如何?”十二年正月谕吏部，令在京七品以上满汉文武官员，“凡职掌所属，向来积弊之处，见今整顿之方，详切敷陈”。并令地方官员亦“直陈无隐”。同时又谕吏部、都察院及科道官员“各据所见极言无隐”。尽管他一直未能找到良策，但确实进行了不懈努力，采取了不少的措施。
他推行甄别之法，擢优汰劣，要求各地督抚对所属官员“严加甄别，有德有才兼通文义者着保奏”，“不堪为民牧者立行参劾，不得姑留地方害民..不行纠参即为溺职，事发一并治罪”。他认为“知府乃吏民之本，若尽得其人，天下何患不治”，并认为全国百余府中有三十府最为重要。为选好知府，他于十二年正月下令“在京各衙门满汉堂官三品以上及在外督抚，各举才行兼优堪任知府者一人，详开履历事迹具奏，吏部再加察议，奏请定夺，以备前三十处知府之用”。为得到真才，福临亲自动手选拔官员。十年三月，他谕内三院：翰林院官员“必品行端方、文章卓越方为称职”。为此他要“亲加考试，先阅其文，后观其品，再考其存心持己之实据，务求真才”。显见，他把才放在第一位。次月，他便将经过考试的各官“御笔亲定去留”。有时他将随时发现的人才越级提升。一日他微行入翰林院，见庶常胡兆龙独自学习清书(满文)，他当即传旨“超升学士三级为侍读”。
顺治十年三月，他采纳吏科给事中魏象枢的建议，实行京察“大计”，即对各地官员普遍进行考核。这次大计中共有九百六十九名官员受到了革职、降调、致仕的处理。从此三年一大计，定为制度。这年四月，他谕吏部：“京官殿最亦当察核”。这是考核在京官员的京察，从此也按期举行，成为制度。
