第二年，龟兹、姑墨、温宿等国皆降。朝廷任命班超为都护，徐干为长史，拜白霸为龟兹王，派司马姚光来送他。班超和姚光命龟兹废掉原来的国王尤里多，扶立白霸。姚光把尤里多带回了京师。
于是，班超驻扎在龟兹它乾城。此时，西域诸国，只剩焉耆、危须(今新疆焉耆东北)、尉犁(今新疆库尔勒东北)三国，因为曾杀害西域都护陈睦，心怀恐惧，尚未归汉。其余各国，均已平定。
汉和帝永元六年(94年)秋，班超调发龟兹、鄯善等八国的部队七万人，进攻焉耆、危须、尉犁。大军行到尉犁地方，班超派使者通告三国国王：“都护来者，欲镇抚三国。即欲改过向善，宜遣大人来迎，当赏赐王侯已下，事毕即还。今赐王彩五百匹”(《后汉书·班超列传》)。
焉耆王广便派左将北鞬支送来牛酒，迎接班超。班超指责他说：“汝虽匈奴侍子，而今秉国之权。都护自来，王不以时迎，皆汝罪也。” 班超手下的人劝他杀了北鞬支，班超不同意，他说：“非汝所及。此人权重于王，今未入其国而杀之，遂令自疑，设备守险，岂得到其城下哉”(《后汉书·班超列传》)!于是班超送给北鞬支不少礼物，放他回国。焉耆王广见北鞬支无事，就亲率高官在尉犁迎接班超，奉献礼物。不过，他并非真想让班超进入他的国境。他一从班超那里返回，立即下令拆掉了国境山口的围桥。班超却从别的道路进入其国，在距王城二十里的地方驻扎部队。焉耆王见班超突然到来，出于意外，大惊，想逃入山中顽抗。焉耆国左侯元孟，过去曾入质京师，悄悄派使者向班超报信。班超为了稳定焉耆国贵族，斩杀了元孟的使者。班超定下时间宴请三国国王及大臣，声言届时将厚加赏赐。焉耆王广、尉犁王泛及北鞬支等三十多人信以为真，一起到会。焉耆国相腹久等十七人害怕被杀，逃跑了，危须王也没有来。
宴会开始，大家坐定，班超突然变了脸色，责问焉耆王等“危须王为何不到?腹久等为何逃亡”(《后汉书·班超列传》)?喝令武士把广、泛等一举捉获，并在当年陈睦所驻的故城，把他们全部斩杀，传首京师。又纵兵抢掠，斩首五千余级，获一万五千人，马畜牛羊三十余万头。接着班超另立元孟为焉耆国王，为稳定局势，班超在那里停留了半年。
至此，西域五十多个国家都归附了汉王朝，班超终于实现了立功异域的理想。
和帝永元七年(95年)，朝廷下诏曰：“往者匈奴独擅西域，寇盗河西，永平之末，城门昼闭。先帝深愍边萌婴罗寇害，乃命将帅击右地，破白山，临蒲类，取车师，城郭诸国震慑响应，遂开西域，置都护。而焉耆王舜、舜子忠独谋悖逆，持其险隘，覆没都护，并及吏士。先帝重元元之命，惮兵役之兴，故使军司马班超安集于窴以西。超遂逾鳂领，迄县度，出入二十二年，莫不宾从。改立其王，而绥其人。不动中国，不烦戎士，得远夷之和，同异俗之心，而致天诛，蠲宿耻，以报将士之雠。司马法曰：‘赏不逾月，欲人速鷪为善之利也。’其封超为定远侯，邑千户”(《后汉书·班超列传》)，后人称之为“班定远”。班超的封地在今陕西汉中镇巴县，该县在清朝以前隶属于西乡县时曾设“定远厅”即源于此。