元朝统一后，世祖下令将全国的军队分为蒙古军、探马赤军(蒙古汗国时期从诸千户中抽调士兵组成，作战时属于先锋部队，后来发展成为屯戍边地的镇戍军)、汉军(由原属金国境内的汉人、契丹人、女真人等组成的军队，又叫做汉诸军)、新附军(新归附的南宋军)等。其中，蒙古军和探马赤军是元朝政治的中心，主要驻防在京师和“腹里”(今河北、山西、山东一带)，而汉军和新附军则驻扎在江淮以南的地区。这种军队编制与法律一样，具有民族不平等的色彩。
四、远征缅甸、日本
至元二十年(公元1283年)正月，高丽国国脱里脱里派遣大将军俞洪慎前往元朝庆贺新春，元世祖欣然接纳。
初八，元世祖下令药剌海率领大军征讨缅甸国。
初十，元世祖打算征讨日本，命令高丽国准备粮草二十万石，以供元军使用。
十二日，元世祖命令伯要带等人在烈埚都山和乾山砍伐木头造船，共砍伐了十四万二千株。此后，元世祖命令各军帖户中的成年和壮丁五千人、民夫三千人运输这些木头到平滦。
十八日，世祖下令让中书右丞脱里里帖木儿率领万户三十五人、蒙古军中练习成水军的二千人、探马赤军一万人、练习水战的五百人前往征伐日本。
二十五日，忽必烈为了准备后援部队，命令各军训练水战。
至元二十年(公元1283年)五月初五，丞相伯颜、诸侯脱里相吾答儿等人上奏说：“征伐缅甸的大军除了使用蒙古军和探马赤军外，也可以就近选用新归附的南宋士兵。”世祖忽必烈权衡了一下利弊，批准了他们的建议。
五月初六，元世祖免去五卫军征讨日本，另外调派了一万名士兵赶往上都替换他们。
五月十一日，元世祖下令设立征东行中书省，由高丽国国脱里和阿塔海共同管理，下令让高丽国派兵协助元军攻打日本，并向攻打日本的高丽军提供所需的衣服和甲仗。
五月十三日，元世祖下令让阿里海牙调派汉军七千人，新归顺的南宋汉军八千人跟随唆都东征日本。
五月十八日，占城行中书省攻占占城，占城的国君补底逃跑。元世祖下诏招降他。五月二十一日，元世祖调派征讨日本的重罪囚犯赶往占城和缅甸等地随军作战。五月二十六日，海南四州宣慰使朱国宝请求增援征讨占城国君的军队。元世祖立即下令让阿里海牙率领一万五千名士兵前往援助，协同作战。同一天，元世祖采纳脱里积翁的建议，诏令江南运送粮食，从阿八赤刚开凿的神山河以及海道两条路运送粮食，供给东征军作战。五月二十八日，元世祖下令赐给占城行中书省弓箭和盔甲，以示嘉奖。
至元二十二年(公元1285年)十一月初四，元世祖派遣阿八剌监督江淮行省的军备物资，派遣察忽监督辽东行省的军用物资，以确保征伐日本的军需。
十一月初十，元世祖派遣使臣前往高丽，要求高丽国脱里调派一万名士兵、六百五十艘战船援助元军攻打日本。同时，命令高丽国脱里派人继续在距离日本较近的地方制造战船，以备军需。
十一月二十五日，元世祖下令将江淮的大米通过漕运运送一百万石到高丽的合浦贮存。同时，元世祖还下令在东京和高丽各贮存十万石大米，准备征伐日本。各军从第二年的三月开始，按照既定的顺序进军，到八月在合浦会集。十一月二十八日，元世祖招集宋朝贩卖私盐和熟知海路的士兵作为水手，征讨日本。