康熙三十四年(1695年 乙亥)
二月 太和殿修缮完成。
五月 上巡畿甸，阅新堤及海口运道，建海神庙。
六月 册封皇太子允礽妃石氏。
十一月 大阅于南苑，定大阅鸣角击鼓声金之制。
康熙三十五年(1696年 丙子)
正月 下诏亲征噶尔丹。于西苑蕉园设内监官学，以敕授太监读书。
二月 康熙帝亲统六师启行，征噶尔丹。命皇太子留守，凡部院章奏听皇太子处理。妃赫舍里氏逝，追赠平妃。
五月 侦知噶尔丹所在，康熙帝率前锋先发，诸军张两翼而进。前哨中书阿必达探报噶尔丹闻知皇上亲率大军而来，惊惧逃遁。康熙帝率轻骑追击。上书皇太后，备陈军况，并约期回京。康熙帝追至拖纳阿林而还，命内大臣马思喀追之。康熙帝班师。抚远大将军费扬古大败噶尔丹于昭莫多(今蒙古人民共和国乌兰巴托东南)，斩首三千，阵斩其妻阿奴。噶尔丹以数骑逃遁。
七月 以平定朔漠勒石于太学。
十月 大将军费扬古献俘至。
十一月 噶尔丹遣使乞降，其使格垒沽英至，盖微探康熙帝的旨意。康熙帝告之说：“俟尔七十日，过此即进兵。”
康熙三十六年(1697年 丁丑)
正月 上谕：“朕观《明史》，一代并无女后预政，以臣凌君之事。我朝事例，因之者多。朕不似前人辄讥亡国也。现修《明史》，其以此谕增入敕书。”
二月 康熙帝再次亲征噶尔丹于宁夏，命皇太子留守京师。遣官祭黄河之神。
三月 康熙帝驻跸宁夏，察恤昭莫多、翁金阵亡兵士。祭贺兰山。上阅兵。命侍卫以御用食物均赐战士。
四月 康熙帝回銮。费扬古疏报闰三月十三日噶尔丹仰药死。康熙帝率百官行拜天礼。敕诸路班师。
七月 以朔漠平定，遣官告祭郊庙、陵寝、先师。
十月 始令宗室及满洲诸生应乡试、会试。
十一月 和硕恪靖公主下嫁喀尔喀郡王敦布多尔济。
康熙三十七年(1698年 戊寅)
正月 康熙帝巡幸五台山。命皇长子允禔、大学士伊桑阿祭金太祖、世宗陵。
三月 封皇长子允禔为直郡王、皇三子允祉为诚郡王，皇四子允禛、皇五子允祺、皇七子允祐、皇八子允禩俱为贝勒。
五月 裁上林苑。
七月 命吏部月选同、通、州、县官引见。霸州新河成，赐名永定河，建河神庙。奉皇太后东巡，取道塞外。
八月 巡幸塞外，奉皇太后临幸喀拉沁端敬公主府邸，赐金币及其额驸噶尔臧。皇太后望祭父母于发库山。赐端敏公主及其额驸达尔汉亲王班第金币。
九月 康熙帝次克尔苏，临科尔沁亲王孝庄文皇后之父满珠习礼墓前酹酒行礼。
十月 康熙帝行围于辉发。驻跸兴京，谒永陵，遣官赐奠武功郡王礼敦墓。谒福陵、昭陵，临奠武勋王扬古利、直义公费英东、弘毅公额宜都墓。
十二月 谕宗人府：“闲散宗室，才力干济，精于骑射，及贫无生计者，各察实以闻。”
康熙三十八年(1699年 己卯) 正月 发布南巡诏旨：一切供给，由京备办，勿扰民间。
二月 第三次南巡启銮。
三月 康熙帝阅黄河堤。驻杭州，阅兵较射。
四月 车驾驻江宁，阅兵。
五月 车驾次仲家闸，书“圣门之哲”额，悬先贤子路祠。
闰七月 妃张佳氏逝，谥为敏妃。诚郡王胤祉为其所生，不及百日剃发，降为贝勒。
十月 视永定河工程，命直郡王胤禔率领八旗兵丁协助修永定河堤。