康熙二十八年(1689年 己巳)
正月 康熙帝第二次南巡，临阅河工。
二月 康熙帝抵达浙江绍兴，祭大禹陵，亲制祭文，书名，行九叩礼，制颂刊石，书额曰“地平天成”。
三月 康熙帝至南京谒明孝陵。命八旗科举先试骑射。
四月 康熙帝制《孔子赞序》及颜、鲁、思、孟四赞，颁于学宫。
五月 颁行《孝经衍义》
七月 初九日册立贵妃佟氏为皇后。次日皇后崩，谥孝懿。派索额图与俄国使臣会谈于尼布楚，签订《中俄尼布楚条约》，确定中俄东段边界。
十月 葬孝懿皇后于遵化东陵。
十一月 孝懿皇后祔奉先殿。
十二月 上朝皇太后于慈宁新宫。
康熙二十九年(1690年 庚午)
二月 谒遵化孝陵。
三月 诏修三朝国史。
四月 《大清会典》修成。改文书馆为御书处，以拓刻、临摹皇帝诗文法帖手迹等。
七月 噶尔丹入犯乌珠穆沁发动叛乱，命裕亲王福全为抚远大将军，皇子胤禔为副将出古北口;恭亲王常宁为安远大将军，出喜峰口征讨。康熙帝亲征，驻博洛和屯，因疾回銮。
八月 清军与噶尔丹激战乌兰布通，获胜。噶尔丹遣喇嘛济隆来请和，福全未即进师。康熙帝切责之。
十一月 裕亲王福全等至京听勘。
十二月 康熙帝谒陵，行孝庄文皇后三年致祭礼。
康熙三十年(1691年 辛未)
三月 翻译《通鉴纲目》成，康熙帝制序文。
四月 以喀尔喀内附，康熙帝躬莅边外抚绥。举行多伦会盟。
五月 传谕喀尔喀，与内蒙古四十九旗一体编设各处扎萨克，管辖稽查，各自遵守。
十一月 诏禁止党同伐异之恶习。
康熙三十一年(1692年 壬申)
九月 大阅于玉泉山，改玉泉山澄心园为静明园。
十月 停直省进鲜茶及赉送表笺。
十二月 召科尔沁亲王沙津入京，面授机宜，使诱噶尔丹。
康熙三十二年(1693年 癸酉)
二月 因太监月钱领到随即花掉，以至衣衫褴褛，谕令照八旗之例，借给官银。策旺阿拉布坦遣使入贡，报告使臣马迪被害及噶尔丹密事。
九月 修盛京城。
康熙三十三年(1694年 甲戌)
二月 大学士请间三四日一御门听政。康熙帝曰：“昨谕六十以上大臣间日奏事，乃优礼老臣耳。若朕躬岂敢暇逸，其每日听政如常。”因康熙帝优礼老臣，谕六十以上大臣隔日奏事，故而大学士请问皇帝可否三、四日举行一次御门听政，康熙帝不允。
三月 礼部尚书沙穆哈以议皇太子祀奉先殿仪注不敬免。
五月 命翰林院、詹事府、国子监日轮四员入值南书房。诏修《渊鉴类函》。巡畿甸，阅视河堤。
闰五月 康熙帝试翰林出身官于丰泽园。
七月 康熙帝求文学之臣。大学士举荐徐元学、王鸿绪、高士奇及韩菼、唐孙华以对。康熙帝以曰：“韩菼非谪降之人，当以原官召补。徐元学、王鸿绪、高士奇可起用修书。并召徐秉义来。”
十一月 温僖贵妃钮祜禄氏逝。设虎枪营，分隶上三旗。