康熙三十九年(1700年 庚辰)
正月 阅视永定河工程。
二月 亲自指示修永定河方略。命费扬古、伊桑阿考试宗室子弟骑射。
六月 建海神庙。停宗室科举。
十月 皇太后六旬万寿节，康熙帝制《万寿无疆赋》，亲书围屏进献。巡阅永定河。
十一月 命卓异官如行取例引见。
康熙四十年(1701年 辛巳)
正月 以河伯效灵，封为金龙四大王。
五月 御史张瑗请毁前明内监魏忠贤墓，从之。
康熙四十一年(1702年 壬午)
正月 诏修国子监。
六月 康熙帝制《训饬士子文》，颁发直省，勒石学宫。
九月 第四次南巡。
十月 行至德州，皇太子病，中途回銮。
十一月 命修禹陵。
是年 限制外官随带家口人数。
康熙四十二年(1703年 癸未)
正月 大学士诸臣祝贺康熙帝五旬万寿，进“万寿无疆”屏风，却之，仅收其写册。南巡，阅视黄河。
三月 万寿节，朝皇太后宫，免廷臣朝贺，颁恩诏、蠲额赋、察孝义、恤贫穷、举遗逸，颁赐亲王、郡王以下文武百官有差。赐内廷修书举人汪灏、何焯、蒋廷锡进士，一体殿试。
五月 裕亲王福全有疾，康熙帝连日视之。内大臣索额图挑唆皇太子，被宣布为“天下第一罪人”，拘禁于宗人府。
六月 巡幸塞外。
十月 西巡山陕诸省，命皇三子胤祉勘察三门砥柱。
十一月 次洪桐，遣官祭女娲陵。遣官祭西岳。驻西安，阅驻防官兵较射。
十二月 次磁州，御书“贤哲遗休”额悬先贤子贡墓。
康熙四十三年(1704年 甲申)
二月 封淮神为长源佑顺大淮之神，御书“灵渎安澜”额悬之。
四月 命侍卫拉锡察视黄河河源。
六月 赐四品典仪凌柱女钮祜禄氏于皇四子胤禛于藩邸。于武英殿开局修《佩文韵府》
十月 颁内制铜斗铜升于户部，命以铁制颁行。
十一月 告诫修《明史》史臣核公论，明是非，以成信史。
十二月 以御制诗集赐廷臣。
康熙四十四年(1705年 乙酉)
正月 《古文渊鉴》成，颁赐廷臣，及于学宫。
二月 康熙帝第五次南巡阅河。严禁太监与各宫女子认亲戚、叔伯、姐妹，违者置于重典。
三月 驻跸苏州，命选江南、浙江举、贡、生、监善书者入京修书。江宁织造曹寅校刊《全唐诗》成。赐大学士马齐等《皇舆表》。
十月 重修华阴西岳庙成，上制碑文。
十一月 国子监落成，御书“彝伦堂”额。
是年 康熙帝与罗马教廷发生冲突，倾向禁教。