悲痛欲绝的康熙帝，坚持在慈宁宫前院所设帷帐内守孝，还想将孝庄文太后的梓宫久留在慈宁宫内，把慈宁宫作为孝庄文太后的“奉殿”，这个想法被大臣们劝阻说无先例才作罢。但因慈宁宫东“新建宫殿五间”，非常得孝庄的喜爱，康熙就把东侧五间殿拆了下来，将建材全部运到了孝陵的红墙外，在原地建了一个一模一样的，这才将它作为了太后的“暂安奉殿”。
据传，慈宁宫自此以后就出现了异象，入住的太后、太妃们，有的说每天晚上都能听见奏乐的声音，有的说在墙上能看到宫女太监们排队走过的影子，还有的说有一口井，白天往下看井底是石头、杂草，但晚上再往下看，井底就会有水，水上倒映的却不是自己的脸……这些传说在宫中越来越玄，以致后来的太后、太妃们都不愿意住在慈宁宫，她们纷纷向皇帝进言，说自己的身份“压”不住这座令人敬畏的太后宫，请求另地而居。
孝庄以后，慈宁宫再也没有迎来一位长时间居住的主人，只有崇庆皇太后在80岁寿辰以后，在慈宁宫住了几年。此后的慈宁宫就成为了偶设大宴，举行受册、受宝等重要典礼的处所了。
太后太妃们的真正寝宫：寿康宫
太后太妃都不愿意入住慈宁宫，那她们都住在哪呢?原来，慈宁宫的西侧还有一组结构完整、设施齐备的建筑，这就是孝庄以后太后太妃们的寝宫寿康宫。说起寿康宫，就不得不提《后宫甄嬛传》里的甄嬛了。
乾隆帝的生母崇庆皇太后也不愿意住在慈宁宫，可当时的太后宫区又只有慈宁宫和咸安宫，咸安宫还被雍正帝改为八旗子弟上学的地方，其他的殿宇又有一些年老的妃嫔居住，怎么办呢?于是，乾隆帝决定把慈宁宫西侧的外墙拆掉，专门为自己的生母建造一所宫殿，就是寿康宫。
