因为马仲英近在咫尺，更是东土耳其斯坦劲敌，萨比提大毛拉说：“东干人比汉族人更是我们的仇敌”。马仲英为了维护祖国的统一，反对祖国领土被分裂出去，也为了扫清自己前进中的障碍，便派马世明、马复元、马福海等两个团，于1934年3月领兵进攻巴楚和喀什。萨比提无兵力抵挡，急请和加尼牙孜从阿克苏赶来喀什入伙，又对乌斯满进行策反。和加尼牙孜的人马刚入喀什城，马世明率兵也赶到，战斗非常激烈，马世明身先士卒，英勇战斗，不幸中弹身亡。部队因马世明的牺牲正在慌乱中，马复元增援部队赶到，立即重新组织反攻，步兵炸开城门，在硝烟弥漫中，骑兵奋勇当先、抢入回城。萨比提的士兵都是抢拉来的民众，见马仲英的骑兵蜂涌而入，便一哄而散，萨比提逃往和田，和加尼牙孜、麻木提等逃往阿图什山里去了。当阿克苏的巴依师长赶来增援喀什时，被埋伏在巴楚的马福海击败。从缴获的武器看是英国造的新武器，据俘虏说是和加尼牙孜用7万头牛、羊从英国换来的。
马占仓部在英吉沙尔附近又击溃了从和田赶来支援的夏满素尔所率领的数千人。
这时，马仲英主力部队在加师驻扎，喀什城里为准备迎接马仲英而忙碌着，英国领事为拉拢马仲英首先驱车迎接，其他各国领事馆亦先后出迎。马仲英在参谋长吴应琪(共产党员)的陪同下，接受苏联领事馆的邀请，同车进入喀什，在苏联领事馆的调解下与盛世才取得谅解。双方确定划喀什、和田、叶城、巴楚、皮山、于田、若羌、且末、加师等9个县为马仲英36师防区，由省府每月发给粮饷供应，双方各守防区，和平相处，各不侵犯，共同维护新疆边防安全。
马仲英召开团以上干部会议，讨论今后的方针、路线。会上以马惠山为首的一派主张依靠英国，以吴应祺、马世勋为首的一派主张坚决依靠苏联，学习苏联的先进技术和科学管理方法。马仲英最后决定依靠苏联，去苏联学习。基本方针确定后，便对部队进行整编，老弱病残遣散回家，愿意留居新疆的可以留给土地以及种子。
(二)反抗军阀统治，接受党的领导
1931年5月，马仲英率义军进入新疆哈密，在镇西一带与省军血战，在哈萨克人民的帮助下偷袭了镇西驻军仓库，得到许多武器、弹药装备和粮食，一时军威大振。驻守镇西的省军团长何振声，慑服于马仲英的军威，一枪未发便举手投降了。另一团长张良诚见大势不好，亦自尽身亡，所有省军皆成俘虏。不到几天功夫，便攻下了哈密新城。马仲英并未因这几战的胜利而产生骄傲轻敌，而是重振兴旺之师，一方面加紧训练，另一方面严明纪律，“不得妄杀无辜，严禁民族仇杀，对地方官吏也给优待。”义军部队由原来的500人扩大到2000人，成为兵精粮足、装备齐全的一支劲旅，直接威胁着金树仁的统治。金树仁立即调动大军，以鲁效祖为“东路剿匪总司令”，盛世才为参谋长，其先头部队杜治国旅星夜赶赴哈密救援。杜治国兵力雄厚，有10个加强连共1500人，并配有重武器，如德国克虏伯大炮等新式武器。当马仲英义军到了墩时，杜旅已强先到达，占领要塞，安置好炮位，并挖好三道战壕。马仲英见此情况，毫无惧色，身先士卒冲杀过去，随后200余骑兵尾随冲锋，接连冲过三道防线，等杜旅发射大炮时，马仲英的骑兵早已冲过射程，马队犹如狂飙向敌人卷去。