1585年至1587年，舒伊斯基在斯摩棱斯克担任督军。在争夺政治利益的斗争中，败给了戈东诺夫，自1587年起，被戈东诺夫流放到加利奇。
四年后，戈东诺夫认为舒伊斯基已经彻底放弃了政治斗争，允许舒伊斯基回莫斯科定居。回到莫斯科，舒伊斯基多次表示要臣服戈东诺夫，获得了戈东诺夫的信任。
1591年，舒伊斯基受戈东诺夫委托，负责调查伊凡雷帝幼子季米特里的死因。在戈东诺夫的严密监视下，舒伊斯基得出了一个正式结论：沙皇幼子季米特里死于偶然事故，并非他杀。戈东诺夫对舒伊斯基的调查结果表示满意，下诏将他任命为大贵族杜马成员。此后再次被任命为诺夫哥罗德督军，在1598年俄军远征克里木汗国时，舒伊斯基被任命为副将。
1605年1月，戈东诺夫派遣多勃雷尼奇率军征讨伪季米特里率领的波兰军队，任命舒伊斯基担任多勃雷尼奇的副将。起初舒伊斯基率军击退了伪季米特里，但他希望借助伪季米特里推翻戈东诺夫，没有对伪季米特里继续进行打击，而是命令军队给伪季米特里让出一条路，最终伪季米特里率军开进了莫斯科。
戈东诺夫家族灭亡之际，舒伊斯基曾计划趁乱夺权，但没想到他的阴谋被伪季米特里及时识破，遭逮捕后流放。伪季米特里执政之初，需要莫斯科的大贵族们的支持，又改变初衷，决定让舒伊斯基留在莫斯科。舒伊斯基并未就此罢休，又开始散布留言，说根据当年的调查结果，伊凡雷帝幼子早已经被戈东诺夫杀死，宣称在位的伪季米特里只不过是一个逃亡到波兰的教士。舒伊斯基再次被逮捕，在行将砍头之际，伪季米特里又一次赦免了舒伊斯基。
1606年5月17日深夜，舒伊斯基在莫斯科城中煽动暴动，乱中杀死伪季米特里。19日，舒伊斯基被支持者们推举为俄罗斯沙皇，6月1日在诺夫哥罗德主教主持下加冕称帝。
舒伊斯基登上沙皇位子，俄罗斯内部的政治和社会矛盾，动荡局势没有丝毫改善的迹象。当年南方的农奴们在波洛特尼科夫率领下，发动起义，公开反对沙皇政权。舒伊斯基为了争取大贵族和封建领主们的支持，下诏废除了伪季米特里时期缓和农奴地位的法令，加紧了对农奴的控制。大贵族们和封建领主们联合起来，在1607年将农奴起义镇压下去。
刚刚镇压了农奴起义，波兰军队就卷土重来。波兰宣布，伪季米特里一世并没有死，而是在暴乱中逃出了莫斯科，现在将回莫斯科复位。这个第二次登场的伪季米特里史称伪季米特里二世，其身世不详。被沙皇舒伊斯基释放的伪季米特里一世的遗孀玛丽娜·姆尼舍克前往图申诺和伪季米特里二世见面，承认了这个人就是死里逃生的季米特里。
1608年5月，毫无抵抗意志的俄罗斯军队被波兰军队在沃尔霍沃附近击败，舒伊斯基命令所属力量收缩回莫斯科城内，伪季米特里二世率领的波兰军队前锋抵达图希诺一带，距离克里姆林宫大约只有12里的地方。出乎所有人意料的是，伪季米特里二世在这个时候没有一鼓作气拿下克里姆林宫，而是命令部下挖壕沟，垒高墙，派出部队到附近村镇中四处掠夺，然后就是原地按兵不动，整日饮酒作乐，不思进取。伪季米特里二世从附近百姓手中掠夺来的粮食、蜂蜜、果酒等堆满了仓库，当地百姓给他起了个外号，称之为"图希诺土匪"。
自1608年末至1609年初，俄罗斯民众自发组织的义军开始有组织地抗击伪季米特里二世的军队。在此过程中，舒伊斯基家族的另一位杰出将领米哈伊尔·斯科平-舒伊斯基逐渐成为义军领袖，成功地打了几个胜仗，极大地鼓舞了俄军士气。
米哈伊尔·斯科平-舒伊斯基和罗曼诺夫率领的义军驻扎在图希诺和克里姆林宫之间的霍登斯科耶原野上，沙皇舒伊斯基也把自己的精锐放在了克里姆林宫西南方向的莫斯科河北岸。俄军本可利用伪季米特里二世的弱点，主动发动进攻，但沙皇舒伊斯基却和波兰人开始谈判停战撤军条件。同时舒伊斯基还把希望寄托在了外援身上。1609年2月，舒伊斯基向瑞典求援，和瑞典签订条约，以割让部分领土为代价，换取瑞典军队出兵消灭伪季米特里二世率领的波兰军队。
沙皇舒伊斯基担心日渐上升的米哈伊尔的威望可能威胁他的统治，于是暗中设计，诱杀了米哈伊尔。沙皇舒伊斯基此举无疑是饮鸩止渴，自米哈伊尔被杀之后，俄军中再也无人能够率军抵抗外敌的入侵了。就这样，各怀鬼胎的沙皇舒伊斯基和伪季米特里二世两个人就一直僵持到了1609年秋。
1609年9月，波兰国王西格蒙德三世对伪季米特里二世的不思进取甚为不满，干脆命令军队开进俄罗斯，公开对俄罗斯实行占领。波兰军队在未遭到明显抵抗的情况下迅速推进，很快就占领了莫斯科附近的克卢申。波兰派出特使前往图希诺，宣布废黜伪季米特里二世，并声称西格蒙德三世不日即将攻克莫斯科，加冕成为俄罗斯沙皇。伪季米特里二世闻言，担心波兰国王的到来就是死期将至，于是连夜只身逃出图希诺。
伪季米特里二世和玛丽娜·姆尼舍克先后逃到了莫斯科西面的卡卢加城，受到卡卢加当地督军的接待，全城上下仍承认伪季米特里二世是合法的沙皇。在卡卢加，伪季米特里二世恢复原态，整日饮酒作乐，并以杀人为手段树立威信。最终在1610年2月的一次打猎途中，被手下的鞑靼臣子射杀枭首。伪季米特里二世死后，他原来的手下们监禁了玛丽娜·姆尼舍克，带着她一同前往莫斯科投降。
西格蒙德三世的军队兵临图申诺，沙皇舒伊斯基匆忙之中组织军队进行抵抗，但力量实在过于微弱，被波兰军队全歼。1610年6月，波兰军队抵达莫斯科外城，莫斯科的陷落已经不可避免。
7月17日，在莫斯科城中大贵族、各地贵族代表的压力下，舒伊斯基下诏宣布退位。莫斯科开城投降，波兰军队占领了克里姆林宫。9月，舒伊斯基被波兰军队囚禁，随后被转至斯摩棱斯克关押，当年冬天被押往波兰。1612年，舒伊斯基在距离华沙130里的戈斯特宁城堡被杀身亡。
从七贵族联合执政到罗曼诺夫王朝建立
舒伊斯基在1610年7月份下诏退位前后，莫斯科群龙无首，陷入混乱局面。姆斯季斯拉夫斯基大公为首的大贵族杜马召开会议，成立了以七名大贵族组成的临时政府。这七名大贵族是：姆斯季斯拉夫斯基大公，沃罗滕斯基大公，特鲁别茨科伊大公，雷科夫大公，戈利津大公，大贵族罗曼诺夫和大贵族舍列梅捷夫。这七个人均代表了俄罗斯的名门望族，可以说每个人都有自己的一方势力。这七个贵族组成的临时政府面临的首要任务就是如何稳定局势，恢复正常的国家秩序。
当时的俄罗斯，处于史称"混乱时代"最黑暗的一段时间，国家已经四分五裂，各路豪强势力和外国干涉军分沓而至。临时政府虽然有一定的威信和号召力，但没有能力组织军队对外敌进行有效抵抗，最后只能寄希望于通过谈判，对外做出政治让步来稳定局势。