奥巴马在菲律宾人爱恨交织中抵达马尼拉，他迅速会见阿基诺三世，两人一起出席记者会。29日，奥巴马将在马尼拉市中心的波尼法西奥堡发表演讲，稍后在马尼拉美军纪念公墓参加纪念仪式。28日出版的《马尼拉公报》刊登社论称，奥巴马此行不会像之前访问菲律宾的所有其他美国总统一样向菲国父黎刹墓敬献花篮，却有闲情逸致参访一家美菲合资电动吉普尼厂，这是对菲律宾的不尊重。《菲律宾每日问询者报》28日称，阿基诺三世与奥巴马的会谈，包括国防与安全、贸易与投资、旅游与发展合作等话题，而国防与安全问题可能影响菲律宾未来一代人。但奥巴马此行最吸引国际舆论的看上去是与中国有关的部分。
“我们的目标不是对抗中国;我们的目标不是遏制中国。我们的目标是确保国际规则和准则得到遵守，这包括在海上争端。”奥巴马28日在联合记者招待会上的这段话迅速传遍世界媒体。记者会上，奥巴马被问及如果南海领土争端升级美国是否保卫菲律宾，他称欢迎中国的“和平崛起”，而美中有“建设性关系”。奥巴马还说，美国对南海领土争端不持立场，强调解决争端的途径是国际法下的外交，而不是“胁迫和恫吓”。 他称，美国“非常支持阿基诺总统提交海洋法庭，以外交方式寻求国际仲裁解决的做法”。