重视蒙藏
福临极为重视与蒙古、西藏等边疆民族的联系。 顺治接见五世达赖
他深悉蒙古西藏笃信喇嘛教，“惟喇嘛之言是听”，因而奉行自皇太极以来宠幸喇嘛的政策。顺治初年多尔衮摄政时曾遣官往请五世达赖喇嘛赴京，达赖应允辰年即顺治九年(1652)前来。福临亲政后遣官再请，同时特于北京建西黄寺一座，预为达赖到京下榻之用。五世达赖奉召即率三千喇嘛浩荡前来。福临准备亲自离京赴边外迎接，以示优隆，由于大学士陈之遴、洪承畴等谏阻，才改派大臣往迎。十二月达赖到京“进献马匹方物”，福临特于南苑接见，“赐坐，赐宴”。十年正月又宴赏于太和殿，同时命诸王“依次设宴”达赖一行。二月，达赖因水土不服辞行，福临再次宴赏于太和殿，命郑亲王济尔哈朗等于清河饯行，命和硕承泽亲王硕塞等率八旗官兵护送返藏。四月遣官赍金册金印赐五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。
澄清吏治
吸取明王朝灭亡教训，澄清吏治，是福临亲政期间考虑最多、也最伤脑筋的问题。他有惩于崇祯帝的不幸遭遇，他认为朱由检“励精图治，宵旰焦心”，“孜孜以康阜兆民为念”，是很想有一番作为的帝王，但因“有君无臣，孤立于上，将帅拥兵而不战，文吏噂沓而营私”，终于造成“国势莫支”，国破身亡的悲剧。他为稳坐天下，亟力寻求长治久安之策，一再向臣下求言。顺治十年正月特召大学士陈名夏“问天下何以治，何以乱，且何以使国祚长久?”以及“得人如何?”十二年正月谕吏部，令在京七品以上满汉文武官员，“凡职掌所属，向来积弊之处，见今整顿之方，详切敷陈”。并令地方官员亦“直陈无隐”。同时又谕吏部、都察院及科道官员“各据所见极言无隐”。尽管他一直未能找到良策，但确实进行了不懈努力，采取了不少的措施。
他推行甄别之法，擢优汰劣，要求各地督抚对所属官员“严加甄别，有德有才兼通文义者着保奏”，“不堪为民牧者立行参劾，不得姑留地方害民..不行纠参即为溺职，事发一并治罪”。他认为“知府乃吏民之本，若尽得其人，天下何患不治”，并认为全国百余府中有三十府最为重要。为选好知府，他于十二年正月下令“在京各衙门满汉堂官三品以上及在外督抚，各举才行兼优堪任知府者一人，详开履历事迹具奏，吏部再加察议，奏请定夺，以备前三十处知府之用”。为得到真才，福临亲自动手选拔官员。十年三月，他谕内三院：翰林院官员“必品行端方、文章卓越方为称职”。为此他要“亲加考试，先阅其文，后观其品，再考其存心持己之实据，务求真才”。显见，他把才放在第一位。次月，他便将经过考试的各官“御笔亲定去留”。有时他将随时发现的人才越级提升。一日他微行入翰林院，见庶常胡兆龙独自学习清书(满文)，他当即传旨“超升学士三级为侍读”。
顺治十年三月，他采纳吏科给事中魏象枢的建议，实行京察“大计”，即对各地官员普遍进行考核。这次大计中共有九百六十九名官员受到了革职、降调、致仕的处理。从此三年一大计，定为制度。这年四月，他谕吏部：“京官殿最亦当察核”。这是考核在京官员的京察，从此也按期举行，成为制度。
他加强对内外官员的监督，尤为重视都察院和御史的作用。他以“都察院为朝廷耳目官”，一再申饬：“上自诸王下至诸臣，孰为忠勤，孰为不忠勤，及内外官员之勤惰，各衙门政事之修废，皆令尽言”，“分别参奏”。与此同时，还向各地派出大量御史，作为皇帝的“耳目”以“简任巡方”，“察吏安民”。他还下令满汉官员互参，即互相监督，“如汉官玩误，满官据实奏闻;如满官执延，汉官亦据实奏闻”。
福临加强对官员的控制，不许结党结社，不许太监预政。他有惩于明末士人结党、太监干政的祸国，多次严令“内外大小官员，各宜恪守职掌，不许投拜门生。如有犯者即以悖旨论罪”。他认为投拜师生即为结党，后竟定为不赦之罪。他严厉惩处“贿买关节，紊乱科场”的考试作弊行为，屡兴科场狱案。他严禁私交、私宴，他认为如此行事便可以“永绝朋党之根”。顺治十年六月下令禁太监预政，设十三衙门专为“宫禁役使”，“不许(太监)干涉一事，不许招引外人，不许交结外官”。“如有内外勾结”，“审实一并正法”。十二年六月命立十三衙门铁牌，上刻敕谕严申不许中官干政之条，如有“窃权纳贿，嘱讬内外衙门，交结满汉官员”等事“即行凌迟处死”。为了锻炼官员，他还实行官员内升外转的办法。十年四月他谕吏部说：“国家官员内外互用。在内者习知纪纲法度，则内可外;在外者谙练土俗民情，则外亦可内。内外敭历，方见真才。”福临认为“治国安民首先严惩贪官”。他对贪官深恶痛绝，惩处贪官成了他清澄吏治的重要一环。他严惩了一些贪官，如首先迎降的恭顺侯、漕运总督吴维华，以贪一万余两，虽因有功免死，却“革职，永不叙用，赃追入官”。他三令五申告诫大小官不可贪赃身败，但收效甚微，贪赃枉法者仍然接连不断。福临寄予最大希望的耳目官巡方御史也接连以身试法。如顺天巡按顾仁出巡前，福临两次召见，谕其“洁己率属，奠安民生。若不法受贿负朕委任，则不拘常律，虽赃数无多定行正法”。可他到任之后即悖旨贪婪，索取贿赂，陷害无辜，造成受害人冤抑难申刎颈叩阍这一轰动一时的大事件来。此事对福临震动很大，他除了杀掉顾仁并处罚一应干连人等外，还下令：“贪官蠹国害民，最为可恨”。“嗣后内外大小官员凡受赃至十两以上者，俱籍其家产入官。”立法不为不苛刻，但仍然止不住贪官恣肆。十四年七月福临很赏识的原巡按御史刘嗣美也因“监守自盗”被流放。十五年十一月江南按察使卢慎言“贪赃数万”被处极刑。面对“贪习犹未尽改”的现实，福临愈加恼火，他下令：“今后贪官赃至十两者，免其籍没，责四十板流徙席北地方。”“衙役犯赃一两以上者流徙”。于是有的大臣上奏认为此法“过重”，致使“人犯抵死不招”。刑部等衙门也会议奏请“今后衙役亦照官律拟罪”。福临仍然不以为然，他说：“与其畏法不招，何若使其畏法不贪!”“朕明知立法既严，于贪官蠹吏有所不便，必怀怨心，但轸念民生，即为贪蠹所怨，亦不遑恤。若不如此，贪风何由止息!”所奏与所议“俱属不合，着严饬行!”福临非常欣赏与佩服朱元璋诛戮大臣，以重法治世的经验。他惩贪决心坚定，无奈事与愿违，惩贪与澄清吏治的其他问题一样，终顺治一朝，也未能解决好。
