公元1227年，成吉思汗终于在征伐的途中病倒。一天晚上，他忽然做了一个奇怪的梦，据此，他意识到自己将不久于人世，于是派人将驻兵于附近的儿子窝阔台与拖雷召到身边，郑重地立下临终遗嘱：
“吾儿，父殆至寿终矣。赖长生天之助力，吾已为汝等建此大帝国。自国之中央达于四方边极之地，皆有一年行程。设若汝等欲保其不致分解，则必同心御敌，一意为汝等之友朋增加富贵。汝等中应有一人承大位。吾死后，汝等应奉窝阔台为主，不得违我遗命。察合台不在侧，应使其勿生乱心。”
此时，成吉思汗的四个儿子中，拙赤已去世，窝阔台最大的威胁者消失了。察合台一直拥护窝阔台，成吉思汗死后仍然如此。拖雷本人也多次强调自己对窝阔台的拥护。所以，窝阔台的继位似乎是毫无悬念的。
但是，按照游牧民族“幼子守产”的习惯法，在成吉思汗逝世后，小儿子拖雷实际上继承了成吉思汗本人所统领的诸部及大部分军队。就以漠北12.9万的漠北自由民骑士为例，成吉思汗诸子诸弟共分得2.8万，其余的10.1万人都属于成吉思汗，成吉思汗死后则全部属于拖雷。这便意味着，虽然按照成吉思汗的遗嘱，窝阔台将成为整个帝国的汗王，但其本人实力却远低于弟弟拖雷。这一看似矛盾的处理，体现了成吉思汗的另一观念，即：他认为汗位是属于整个黄金家族的，而不只属于自己。所以，在自己的财产继承上，他遵循“幼子守产”的习惯法。但在汗位的继承上，他不愿意以“幼子守产”的方式进行，而采取以贤能而定的方法。如此处理，在成吉思汗看来，就是将公与私分别按各自的原则处理，是最妥当的。
第二道遗嘱
成吉思汗一生发动的最后战争，就是对西夏的战争。当时他已生病，但仍然不顾自己的身体状况，一定要攻下西夏。
成吉思汗于1225年冬天开始做出征西夏的准备，1226年秋天率大军出征，在途经阿儿不合地区的时候，时间已到了冬天。有一天，成吉思汗所骑红沙马突然受到一群野马的惊扰，将成吉思汗摔了下去。成吉思汗被摔得很重，他的儿子及部属们建议回师，等成吉思汗身体好了，再去征讨。但成吉思汗不同意，说：“如果我们这样回去，唐兀(即西夏)百姓会认为我们胆怯。我们先派使者去，看他们有何话说。”这其实是西夏免除兵祸的一个好机会。
按照成吉思汗的命令，使者责备西夏国王不仅不履行诺言发兵，而且恶言挖苦，如今蒙古大军要和他们算账。
西夏国王听了，有所畏惧，说：“我没有说过挖苦的话。”
但他的掌权大臣阿沙?敢不又冒了出来，挑衅地说：“我是说了挖苦的话，你们又能怎么样?若想与我厮杀，就到贺兰山来战。要想得到金银缎匹，就到我们西凉来取!”说完，就把使者打发回去。
成吉思汗听了使者的汇报，觉得受了侮辱，说：“他们竟敢说这样的大话，我们还怎么能回去呢?哪怕是死，也要攻打他!”马上降旨：“把勇猛敢战、有地位的唐兀人杀掉!战士们可以各取其擒获的唐兀人。”
紧接着，成吉思汗扶病率军进发，直攻西夏，势如破竹，将驻扎在阿拉善的阿沙?敢不击败，并俘获了这位屡次挑衅的西夏大臣，使其沦为奴隶。
