中俄双方设立了联合导演部、联合指挥部和海上舰艇编队指挥所三级指挥体系，均采用混合编组的形式。对此，王亚男认为，在各个层级的指挥体系中，中方都可以和俄方进行学习和交流，通过这种机会借鉴先进经验。这种三级指挥体系，也是很接近实战应用的。在实际动用海上力量时，国家机构一级就相当于联合导演部，下达一个大方向的命令，之后由海军指挥机构将这个大的指令分解成多个可操作的小指令，再将这些小指令分配给游弋在海上的舰艇指挥官。
王亚男认为，通过混编的方式，双方都可以熟悉对方的指挥习惯，一旦有突发情况，两国海军合作起来比较便利，北约也是这样演练的。
俄新社报道称，实兵演练地点彼得大帝湾复杂的气候条件非常适合锻炼两国海军。王亚男认为，在彼得大帝湾演习可以使中国的舰队感受和适应在高纬度海况下作业，这是在自己家门口很难感受到的。更深层次来说，这种交替主办的演习模式也加大了双方合作的实际效果。
科目设置与兵力编成有深意
王亚男认为，联合防空、联合护航以及实际使用武器对海、对空目标射击等科目都是非战争状态下，海上力量运用最多的模式。突破潜艇威胁区是更深层次的合作，这种科目的演练需要接近战争的环境。对于此次兵力编成，一名中国专家认为，已经接近进行夺岛战的实力了，双方有水面舰艇、舰载直升机、固定翼飞机以及特战分队。特别是特战分队，既可以进行反恐，也胜任小规模的岛屿作战，但中俄有意没有派出更具夺岛战标志意义的登陆舰。
