552年6月初纳西斯再次占领拉韦纳，不久多迪拉阵亡，这样哥特人就丧失了他们最好的军事家了。10月哥特人在维苏威火山再次战败。此后虽然还有一些哥特人的军队还顽强抵抗，但总地来说他们被战败了。意大利被严重摧残。查士丁尼一世死后不久隆巴第人入侵意大利占领了其大部分地区。
巴尔干半岛在查士丁尼一世统治的整个时期一直不稳定，但这不是什么不寻常的情况。保加利亚人和匈奴人不断入侵拜占庭领域。由于拜占庭没有足够的兵，因此它的堡垒系统也不足以保护色雷斯的安全。约560年开始斯拉夫人开始缓慢地但永久地占据拜占庭的地区。
552年在西班牙的西哥特王国内部混乱，查士丁尼一世乘机占领了科多巴、直布罗陀等地区。这些地区在此后的80年中归拜占庭。
查士丁尼一世与信基督教的埃塞俄比亚建立了关系，由于当时埃塞俄比亚介入也门，而波斯也对也门感兴趣，因此查士丁尼一世与埃塞俄比亚的联系使他与波斯的关系更变坏了。查士丁尼一世统治期间蚕从中国传到拜占庭。后来丝绸成为拜占庭的一个重要财源。在欧洲拜占庭与法兰克人和匈奴人不断作战，但这些战争没有起什么重要作用。
查士丁尼一世是一位“不眠的皇帝”，他亲自管理许多事情。他的法典是全新的，其作用一直延续到近代。他本人对城市和省份的管理也非常关心。但他也不得不经受一些打击，其中最主要的是尼卡暴动。在他统治的后期他越来越关注神学的问题。
不停的战争、查士丁尼一世的大兴土木和鼠疫的后果给国家财政带来了巨大的压力。一部分居民因此陷入穷苦状态对查士丁尼一世内政最重要的事件是532年的尼卡暴动。出于对查士丁尼一世的高税政策的反抗以及保守派的元老的利用君士坦丁堡的两个赛车队和他们的支持者发动反对查士丁尼一世的暴动。查士丁尼一世当时已经以为他已经败了，打算逃离君士坦丁堡，但他的妻子狄奥多拉皇后决定决一死战。她派纳西斯与一部分暴动者谈判并说服他们支持查士丁尼一世，同时又派贝利萨留对暴动者的总部进攻。贝利萨留成功后对暴动者进行大屠杀，据当时的报道三万人被杀。狄奥多拉事后正式被提升为查士丁尼一世的共治者。从541年开始鼠疫在整个拜占庭帝国蔓延。查士丁尼一世本人也得病，他最重要的法学家特里波尼亚努斯甚至病死。这场传染病的后果对拜占庭是非常严重的：由于粮食产量的减少饥荒爆发，再加上战争和多次地震的发生使得整个社会上有一种世界末日的感觉。可能因此查士丁尼一世在他统治的后期对神学非常重视。他的政策深刻地变了。加上战争中的败绩他后期的政治比他前期的政治要被动得多。查士丁尼一世最大的功绩是将古罗马的法律编成一部法典。这部民法大全于529年发表。它提取了此前遗留下来的私人和公共的收集中的法律条文。533年查士丁尼一世又下令编写《学说汇纂》，其中收录了许多罗马法学家的法解释，同年《法学阶梯》也被发布，这是一部法学的教科书。最后发表的是《新律》，其中收录了法典被发表后施行的法律。这部法典代表着罗马法的最高成就，对后世大陆法系民法典的制定有着深远的影响。圣索非亚大教堂被大火和后来被一次地震摧毁后查士丁尼一世一再重建这座大教堂。安提阿被地震和后来被波斯人摧毁后查士丁尼一世也一再重建。查士丁尼一世还建立了许多堡垒来抵挡斯拉夫人和波斯人，但这些堡垒起的作用不是很大。在他的出生地附近他也大兴土木。这些土木工程都是用国家的税收来支付的，繁重的高税压力是导致532年尼加暴动的原因之一。查士丁尼一世在当时的教会中起一个重要作用，他本人写了多部神学着作，领导了教会会议。为了推动基督教的普及，查士丁尼一世于529年下令关闭在科学界非常有影响的雅典的科学院，因为在那里新柏拉图派的哲学思想占主流。在教会内部的派别斗争中查士丁尼一世未能达成一个折衷解决方法，最后他判提奥多拉也信奉的基督一性论为邪教，这样他加深了信封基督一性论的叙利亚和埃及教会与不信奉基督一性论的罗马和拜占庭教会之间的分歧。
查士丁尼一世对异教徒进行迫害，尤其在埃及南部。他的宗教政策导致了529年巴勒斯坦信犹太教的撒玛利亚人的起义。查士丁尼一世血腥镇压了这次起义。534年查士丁尼一世发表法律限制犹太教徒的权利。查士丁尼一世本人是一个非常虔诚的教徒。他严格遵守基督教的戒食规则。查士丁尼一世写的赞美诗“噢神唯一的儿子和神的词”至今是东正教的赞美歌之一。