在543年君士坦丁堡地区的教会大会上查士丁尼一世发表了十点反对俄利根的非正统见解的理由。这是与基督一性论之间的激烈争论的开始点。
为了解决这个问题查士丁尼一世于553年召开了第二次君士坦丁堡宗教大会，这是基督教历史上第五次全基督教会议，但这次会议也未能解决基督一性论的问题。
过去的历史研究将查士丁尼一世的统治时期看作希腊-罗马时代后期的一个黄金时代，现代的研究对这个定论提出疑议。对他的重建帝国的政策今天还有争论。查士丁尼一世漫长的战争将拜占庭的国库耗竭，用尽了拜占庭的资源。虽然如此，他统治结束的时候拜占庭无疑是地中海沿岸的霸权，但这个霸权地位的代价是非常高的。不但查士丁尼一世的外交政策，他的内政也越来越受到批评。尤其查士丁尼一世生前当时的人对他的政策批评很重。尤其普罗科匹厄斯在他的《密史》中对查士丁尼一世提出了深刻的批评。今天的历史学家主要争论的地方是查士丁尼一世的政治与他的前任查斯丁一世的政策真的区别有多大，以及查士丁尼一世的政策是否主要是出于实际便利的考虑而零时制定的。
查士丁尼一世时期基督教社会上普遍存在着一种世界末日的感觉。这与鼠疫的流传和多次自然灾害的爆发有关，公元500年前基督教社会也有过世界末日的期望(主要因为周年的缘故)，但这个期望是否一直延续到查士丁尼一世的时期影响了查士丁尼一世时期的社会气氛在学术界还有争论。
从神学方面来说查士丁尼一世的神学见解一应已经逐渐接近中世纪的神学见解了。有人指责查士丁尼一世对基督一性论不宽容的态度使得帝国内部分裂，但查士丁尼一世本人可能正是希望以宗教的统一来获得帝国内部的团结。此外还必须说明的是在古代晚期对于教条定义的问题普遍被看作是具有决定性意义的问题。
在东正教查士丁尼一世和他的妻子提奥多拉(虽然她更加倾向基督一性论)都被尊为圣人。查士丁尼一世的纪念日是他的逝世日11月14日。
直到最近查士丁尼一世被看作是古代晚期一个明君，无疑他与戴克里先和君士坦丁大帝一样是罗马帝国晚期最重要的皇帝之一。作为一个影响深远的、统治时期相当长的皇帝要对他做出一个概括性的总结是不容易的。从许多方面来说查士丁尼一世在欧洲历史上都是一个从古代转向中世纪的过渡性的、代表性的和重要的人物。查士丁尼一世开始当政的时候帝国的主要特征还是罗马式的，但当查士丁尼一世逝世时它已经非常拜占庭化了。他将古罗马的国民主权彻底消除了，皇帝成为了君权神授的国家主权。但同时皇帝依然需要国民和军队的支持和同意。在法学和神学上查士丁尼一世的贡献是对后来的发展有深刻影响的。在对外政策上他的重建帝国的政策建筑在非常不稳固的基础上，查士丁尼一世死后不久许多地区就又已经失落了。向东在查士丁尼一世生前帝国就已经在为其生存而战斗了。查士丁尼一世只有靠巨资才买来了那里疆域的完整。在文化上古代希腊、罗马的文化在查士丁尼一世统治期再次繁华。拜占庭的城市至少到鼠疫爆发也非常兴旺。在行政上查士丁尼一世基本上保持了罗马式的行政结构。
对查士丁尼一世统治影响最深的自然灾害是540年代鼠疫的流行。这次流行大大减少了拜占庭的居民数目，也使得国家的收入受到了影响。此后查士丁尼一世的政策较之前的政策不那么主动和灵活了。
查士丁尼一世重建帝国的计划是最后一次复活罗马帝国的梦想，但他不是一个和平君主。他统治期间人们的负担非常沉重，在宗教政治上他也非常不宽容，虽然如此他的不宽容政策并未达到统一帝国的目的。
