1940年5月，希特勒出动大军占领了比利时，圣安德诺修道院也被德军充做了军营，包括陆征祥在内的修道士全部被赶出了修道院。生存环境的日益恶化并没有动摇陆征祥反抗强权的信念，他不顾纳粹盖世太保的干扰和威胁，坚持在比利时各地演说，给深受战乱之苦的比利时人民带去了心灵上的慰藉。
由于陆征祥频繁进行反纳粹宣传，盖世太保盯上了他，派人将他抓了起来，并警告他“不许公然集会，否则将被视为破坏分子送往波兰。”但获释后的陆征祥不但没有听从“劝说”，反而更积极地进行演说。结果，陆征祥被恼羞成怒的盖世太保写进了“黑名单”，幸亏曾担任过蒋介石军事顾问的纳粹总督冯·法肯豪森极力阻止，他才没被押往设在波兰的死亡集中营。
1944年6月，盟军在诺曼底登陆，陆征祥利用组织人们祷告的机会，向不知情的比利时人民通报了这一激动人心的信息——“比利时的解放为时不远了!”他的消息鼓励着比利时人民熬过了黎明前的黑暗期。1944年9月24日，随着盟军解放比利时，被迫“云游四方”的陆征祥回到了阔别已久的圣安德诺修道院。为了嘉奖陆征祥虔诚的宗教信仰和不畏纳粹强权的精神，罗马教皇亲自任命他为比利时圣伯多禄修道院名誉院长。
1945年抗战胜利之际，2名专程从国内赶来比利时的记者采访了陆征祥，陆征祥一方面对于曾替袁世凯签署“二十一条”向国人表示忏悔，另一方面又对中国取得抗战的胜利异常兴奋，感慨终于“在有生之年得见祖国一雪前耻。”深知“弱国无外交”的陆征祥还期望国内当权者能以抗战胜利为契机，大力发展国力，然而他的良好愿望却被蒋介石发动的内战所粉碎，中国再度陷入战乱之中。1949年1月初，陆征祥走到了自己的生命尽头，此时他仍然挂念着战乱中的祖国，当修道院长到医院看望他时，病危的陆征祥用力说出了“中国”二字。1月15日，中国现代史上唯一的一位“修道士总理”病逝，终年78岁。