十一月，拓跋什翼犍先派白部、独孤部抵御前秦大军，均未获胜。继派南部大人刘库仁率10万骑兵抵抗，与秦军在云中(今内蒙古和林格尔西北)盛乐宫西南的石子岭激战，又败。拓跋什翼犍因病不能亲自领兵作战，遂领其众逃至阴山以北。不料，又遭高车部落的四面抄掠，复返漠南。后闻前秦军稍退，遂于十二月，返回都城云中。不久，什翼犍庶长子定君听信谗言，先杀诸弟，后杀父王。消息传到秦军，秦将李柔、张蚝即刻发兵攻至云中，代国部众纷纷逃散，代国灭亡。
代国灭亡后，拓跋圭随母亲贺氏逃至贺兰部避难。这一年，拓跋圭六岁。后符坚召见代长史燕凤，问代国内乱的原因，始知拓跋寔君所为，符坚大怒，将其车裂。符坚还想将拓跋圭迁于长安，燕凤固请说：“代王初亡，群下叛散，遗孙冲幼，莫相统摄。其别部大人刘库仁，勇而有智;铁弗卫辰，狡猾多变，皆不可独任。宜分诸部为二，令此两人统之;两人素有深仇，其势莫敢先发。俟其孙稍长，引而立之，是陛下有存亡继绝之德于代，使其子子孙孙永为不侵不叛之臣，此安边之良策也”(《资治通鉴·卷第一百四》)。苻坚纳其言，分其地为两部，令刘库仁统黄河以东，刘卫辰统黄河以西。苻坚还将拓跋部分散安置在云中、定襄、雁门、五原四郡，“立尉、监行事，官僚领押，课之治业营生，三五取丁，优复三年无租税。其渠帅岁终令朝献，出入行来为之制限”(《晋书·符坚载记》)。
独孤部原为匈奴人的一支，因与拓跋部世代相婚，关系很深，是拓跋联盟的重要成员。代亡后，为了寻求庇护，拓跋圭的母亲又带著他由贺兰部来到独孤部，依附刘库仁。刘库仁招抚离散，恩信甚著，奉事拓跋圭恩勤周备，不以废兴易意，常对诸子说：“此儿有高天下之志，必能恢隆祖业，汝曹当谨遇之”(《资治通鉴·卷第一百四》)。不久，刘卫辰耻在刘库仁之下，杀秦五原太守而叛。刘库仁将刘卫辰击败。这样，在什翼犍之后独孤部成为代北控制区域最大，力量最强的部族。