闰五月 康熙帝试翰林出身官于丰泽园。
七月 康熙帝求文学之臣。大学士举荐徐元学、王鸿绪、高士奇及韩菼、唐孙华以对。康熙帝以曰：“韩菼非谪降之人，当以原官召补。徐元学、王鸿绪、高士奇可起用修书。并召徐秉义来。”
十一月 温僖贵妃钮祜禄氏逝。设虎枪营，分隶上三旗。
康熙三十四年(1695年 乙亥)
二月 太和殿修缮完成。
五月 上巡畿甸，阅新堤及海口运道，建海神庙。
六月 册封皇太子允礽妃石氏。
十一月 大阅于南苑，定大阅鸣角击鼓声金之制。
康熙三十五年(1696年 丙子)
正月 下诏亲征噶尔丹。于西苑蕉园设内监官学，以敕授太监读书。
二月 康熙帝亲统六师启行，征噶尔丹。命皇太子留守，凡部院章奏听皇太子处理。妃赫舍里氏逝，追赠平妃。
五月 侦知噶尔丹所在，康熙帝率前锋先发，诸军张两翼而进。前哨中书阿必达探报噶尔丹闻知皇上亲率大军而来，惊惧逃遁。康熙帝率轻骑追击。上书皇太后，备陈军况，并约期回京。康熙帝追至拖纳阿林而还，命内大臣马思喀追之。康熙帝班师。抚远大将军费扬古大败噶尔丹于昭莫多(今蒙古人民共和国乌兰巴托东南)，斩首三千，阵斩其妻阿奴。噶尔丹以数骑逃遁。
七月 以平定朔漠勒石于太学。
十月 大将军费扬古献俘至。
十一月 噶尔丹遣使乞降，其使格垒沽英至，盖微探康熙帝的旨意。康熙帝告之说：“俟尔七十日，过此即进兵。”
康熙三十六年(1697年 丁丑)
正月 上谕：“朕观《明史》，一代并无女后预政，以臣凌君之事。我朝事例，因之者多。朕不似前人辄讥亡国也。现修《明史》，其以此谕增入敕书。”
二月 康熙帝再次亲征噶尔丹于宁夏，命皇太子留守京师。遣官祭黄河之神。
三月 康熙帝驻跸宁夏，察恤昭莫多、翁金阵亡兵士。祭贺兰山。上阅兵。命侍卫以御用食物均赐战士。
四月 康熙帝回銮。费扬古疏报闰三月十三日噶尔丹仰药死。康熙帝率百官行拜天礼。敕诸路班师。
七月 以朔漠平定，遣官告祭郊庙、陵寝、先师。
十月 始令宗室及满洲诸生应乡试、会试。
十一月 和硕恪靖公主下嫁喀尔喀郡王敦布多尔济。
康熙三十七年(1698年 戊寅)
正月 康熙帝巡幸五台山。命皇长子允禔、大学士伊桑阿祭金太祖、世宗陵。
三月 封皇长子允禔为直郡王、皇三子允祉为诚郡王，皇四子允禛、皇五子允祺、皇七子允祐、皇八子允禩俱为贝勒。
五月 裁上林苑。
七月 命吏部月选同、通、州、县官引见。霸州新河成，赐名永定河，建河神庙。奉皇太后东巡，取道塞外。
八月 巡幸塞外，奉皇太后临幸喀拉沁端敬公主府邸，赐金币及其额驸噶尔臧。皇太后望祭父母于发库山。赐端敏公主及其额驸达尔汉亲王班第金币。
九月 康熙帝次克尔苏，临科尔沁亲王孝庄文皇后之父满珠习礼墓前酹酒行礼。
十月 康熙帝行围于辉发。驻跸兴京，谒永陵，遣官赐奠武功郡王礼敦墓。谒福陵、昭陵，临奠武勋王扬古利、直义公费英东、弘毅公额宜都墓。
十二月 谕宗人府：“闲散宗室，才力干济，精于骑射，及贫无生计者，各察实以闻。”
康熙三十八年(1699年 己卯) 正月 发布南巡诏旨：一切供给，由京备办，勿扰民间。
二月 第三次南巡启銮。
三月 康熙帝阅黄河堤。驻杭州，阅兵较射。
四月 车驾驻江宁，阅兵。
五月 车驾次仲家闸，书“圣门之哲”额，悬先贤子路祠。
闰七月 妃张佳氏逝，谥为敏妃。诚郡王胤祉为其所生，不及百日剃发，降为贝勒。
十月 视永定河工程，命直郡王胤禔率领八旗兵丁协助修永定河堤。
康熙三十九年(1700年 庚辰)
正月 阅视永定河工程。
二月 亲自指示修永定河方略。命费扬古、伊桑阿考试宗室子弟骑射。
六月 建海神庙。停宗室科举。
十月 皇太后六旬万寿节，康熙帝制《万寿无疆赋》，亲书围屏进献。巡阅永定河。
十一月 命卓异官如行取例引见。
康熙四十年(1701年 辛巳)
正月 以河伯效灵，封为金龙四大王。