陈独秀第二次东渡日本，是与潘赞化相伴进成城学校(日本士官学校的预备学校)陆军科。陈独秀与同学汤尔和都关心时事政治，遂结成好友。汤尔和尤为赏识陈独秀的胆识和为人处事，埋下十几年后推荐陈独秀任北京大学文科学长的伏笔。1906年暑假，陈独秀第三次到日本，与苏曼殊结伴，纯属暑假旅游。暑假过后，陈独秀和苏曼殊一起回国，在皖江中学任教。陈独秀利用“芜湖图书社联络党人，进行革命活动，被人告发，巡抚恩铭‘欲穷治之，羽书连下’，陈独秀被迫于1907年春又到日本东京，入正则英语学校学习英语。”这是陈独秀第四次到日本，而且也是“被迫”。 1914年7月，东渡日本，帮助章士钊编辑《甲寅杂志》。这是陈独秀第五次也是最后一次去日本。陈独秀一生虽到过日本5次，但没有进入过“日本东京日本大学”，完全不可能“毕业”。
? ? 另外，陈独秀没有担任过安徽公学教务长、安徽高等学校校长等职。安徽公学的前身是安徽旅湘公学。1904年冬，迁回芜湖改名为安徽公学。陈独秀是迁校的积极倡议者和推动者，热心推动安徽旅湘公学迁回芜湖，改办为安徽公学，但陈独秀并没有在校内任职。这一时期，他一方面热衷编辑《安徽俗话报》，另一方面躲在蔡元培租来的房子里，天天跟随杨笃生等人试验炸药，研究暗杀。陈独秀与蔡元培因此相识并结下友谊。陈独秀也没有担任过安徽高等学校的校长。安徽高等学校由陈独秀主持创办，但陈独秀只担任过教务长，没有担任过校长。
陈独秀也强调自己没有“学位头衔”，“从来没有在大学教过书”。蔡元培之所以要拿这么一份不确切的履历递交教育部，目的就是要保证陈独秀顺利担任北京大学文科学长。蔡元培是抱着整顿北京大学的决心出任校长的，而且立意从文科整顿做起，延聘教员从聘请文科学长开始。文科学长不但必须是“积学与热心的教员”，还必须具有革新的思想，勇于“整顿”的革命的精神。陈独秀当时“是一员闯将，是影响最大，也是最能打开局面的人”。
