打苍蝇牵连出了一只大老虎，这可乐坏了肃顺。柏葰可是两朝重臣，《清史稿》称其“素持正”“勤慎无咎”，但他向来反感肃顺等人的施政方针，时常带头抵制。如今抓到了柏葰的把柄，肃顺自然要大做文章，力请将之“比照交通嘱托，贿买关节例，拟斩立决”。这令咸丰着实为难，商议此案时，他询问各亲王大臣“柏葰有无屈抑”，是否有从轻发落之可能。此刻肃顺于殿上高声力争，强调科举乃“取士大典，关系至重，亟宜执法，以惩积习”，柏葰罪不可宥，“非正法不足以儆在位”。而在朝诸臣摄于肃之气势，竟“默无一言”。既然无可挽回，咸丰只得判处斩立决。柏葰也成为清代唯一一位因科举舞弊被处死的中央领导。综观这耗时十个月的“戊午科场案”，共计惩处各级官员91人，不仅处决了柏葰这样的副国级干部，还波及各个部委甚至不少亲王宗室，确实收到“功令为之一肃，数十年诸弊端净绝”的效果。然而，肃顺在具体执法中存在明显不公。如他袒护陈孚恩，使其免受案件牵连。更让人不齿的是，两年后肃顺监视庚申恩科，居然为了能让幕僚高心夔中式，不惜考前泄题，实“为科甲中人所切齿”。可以说，肃顺打掉了一只老虎，却又养了其他老虎。
紧接着，肃顺再出重拳，彻查“户部宝钞案”。咸丰即位初年，因太平天国起义，户部库房匮乏，于是清廷决定由户部设立宝钞处和官钱总局发行大量钞票。滥发官钞非但没有纾解财政，反倒致使通货膨胀、物价飞腾，而官商乘机勾结，“侵占挪用”，“拒收买抵”，从中牟取暴利，将币制改革失败的恶果转嫁于百姓头上，当时“五城内外兵民不下数百万户，各粮行抬价居奇，小民每日所得钱文，竟不能供一日之饱”。咸丰八年底，肃顺改任户部尚书，决心整顿财政积弊。无巧不成书的是，肃顺的前几任，分别是政敌祁寯藻、柏葰、翁心存，这可给了他现成的弹药。
肃顺从调查五宇官号账目入手，刨根究底，将户部整个掀了个底儿掉，涉案人员几百人，抄没户部司员、商户及满族宗室数十家。就在案情渐趋明朗之际，咸丰九年十一月，户部稿库突起大火，“三日不息，存案悉毁”，“宇廨尽焚”，“统计延烧、拆卸房屋二百余间”，致使户部积案无可稽查。偏偏在此关口，户部起了大火，这令咸丰坚信其中定有更大阴谋，遂命肃顺详查。有了皇帝的力挺，肃顺办案愈发酷烈，定要揪出幕后的“大老虎”。几经核查，耗时一年，肃又将户部司员景雯、崇贵、常禄、忠麟、王熙震诸人利用短号钞换取长号钞，从而吞没巨款的案情查出。经过反复逼供，忠麟等供认此事曾经时任户部尚书的翁心存过目，但翁漫不经心，故毫无察觉。拿到证据，肃顺立即启动对翁心存之弹劾，终使朝廷对翁予以革职留任之处分。而时任大学士的祁寯藻，因对肃顺办案作风不能认同，二人屡次发生冲突，“肃顺议论风发泉涌，寯藻格格然勿能难”，不得不称病辞职。