日海保巡逻机通过无线向该船发出警告称，“这里是日本专属经济区，没有获得日本政府的同意不许进行调查”，不过该船并未理会日海保警告，继续进行调查作业。
日海保称，2012年11月，也曾在钓鱼岛黄尾屿附近海域发现过这艘海洋调查船。2012年11月16日，日本《产经新闻》曾报道称，在中国海监船对钓鱼岛海域展开巡航的同时，日方还确认到有一艘巴拿马籍科考船在钓鱼岛附近海域进行海洋调查。该船船身印有“DISCOVERER2”字样，行驶过程中有电缆拖在海水中。《产经新闻》称，该船很像是在进行海洋勘探，但无法确认船只的具体身份。