康熙元年(1662年 壬寅)
二月 郑成功接受荷兰侵略者揆一投降。
三月 以滇南平，告庙祭陵，大赦天下。尊世祖山陵为孝陵。
四月 加上太祖、太宗尊谥。吴三桂杀南明永历帝父子于昆明。郑成功逝。
五月 夏至，康熙帝亲祭地于方泽。
八月 宗人府、礼部遵谕议王、贝勒、贝子等有愿抚养女者，奏准抚养，随养父母升降。
十月 尊皇太后为太皇太后，尊皇后为仁宪皇太后，母后为慈和皇太后。
十一月 吴之荣告发庄廷鑨私修《明史》。
康熙二年(1663年 癸卯)
二月 慈和皇太后佟佳氏逝。
三月 庄廷鑨《明史》案发生。
五月 诏天下钱粮统归户部，部寺应用，俱向户部领取，著为令。为慈和皇太后上尊谥孝康熙慈和庄懿恭惠崇天育圣皇后。奉移世祖梓宫往孝陵，奉安地宫。
六月 葬世祖章皇帝于孝陵，孝康皇后、端敬皇后与之合葬。
十一月 改造福陵、昭陵地宫成，奉安太祖、太宗宝宫。
康熙三年(1664年 甲辰)
四月 鳌拜奏内大臣费扬古之子侍卫倭赫擅骑御马，费扬古怨，被籍家弃市。诏令工部织染局归内务府。
康熙四年(1665年 己巳)
二月 御史董文骥疏言大臣更易先皇帝制度，非是，宜一切复旧。
三月 修缮历代帝王庙。辅政大臣议钦天监官德国传教士汤若望罪。
七月 以太皇太后懿旨，聘辅臣索尼孙女、内大臣噶布喇之女赫舍里氏为皇后，行纳采礼。
九月 册立辅臣索尼之孙女赫舍里氏为皇后。
十月 康熙帝首至南苑校射行围。
康熙五年(1666年 丙午)
正月 辅臣鳌拜与苏克萨哈因换地相争，自此鳌拜专权。
三月 辅臣索尼请皇帝亲政，留中未发。
十一月 辅臣鳌拜以改拨圈地，诬告大学士户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登连等罪，逮捕下狱。而辅臣中的索尼年老，遏必隆软弱，苏克萨哈望浅，俱不能抗拒鳌拜。