刘秀建立东汉王朝后，首先致力于整顿吏治，加强专制主义中央集权。他虽封功臣为侯，赐予优厚的爵禄，但禁止他们干预政事。对诸侯王和外戚的权势，也多方限制。在行政体制上，刘秀一方面进一步抑夺三公职权，使全国政务都经尚书台，最后总揽于皇帝;另一方面，又加强监察制度，提高刺举之吏，如御史中丞、司隶校尉和部刺史的权限和地位。又令全国共并省400多个县，吏职减省至1/10。与此同时，刘秀还采取了不少措施来安定民生，恢复残破的社会经济。建武六年下诏恢复三十税一的旧制。东汉初年的封建租赋徭役负担，比起西汉后期和战争期间有所减轻。他前后九次下诏释放奴婢，或提高奴婢的法律地位，使大量奴婢免为庶人，使流民返回农村，促进生产。他统治的时期，史称中兴。
建武十五年，刘秀针对当时“田宅逾制”和隐瞒土地户口的严重现象，下令全国检核土地户口。郡县守、令不敢触动贵戚官僚和世家豪族，反而在清查过程中“多为诈巧，不务实核”，“优饶豪右，侵刻羸弱”。结果，激起各地农民的反抗，郡国的豪强大姓也乘机作乱。对此，刘秀采取了不同的对策。对于农民的反抗斗争是进行分化和镇压，对于大姓兵长，则在处死度田不实的十几名郡守之后，即下令停止度田，向豪强地主让步。光武帝在其统治末年还“宣布图谶于天下”，企图以儒家学说与谶纬神学的混合物作为思想武器，加强对人民思想的统制。
统一政权的重建
东汉政权建立后，立即出动大军渡河南征。首先是扫荡更始政权在各地的残余势力，然后集中主力镇压赤眉军。建武元年八月，攻取洛阳。这年十月，刘秀由河北至洛阳，遂定都于此。建武二年(公元26年)春天，邓禹率部到达关中地区，趁赤眉军撤离长安到扶风(今陕西兴平)的时机进入长安。不久，赤眉军复还长安，击败邓禹军，迫使其撤出关中。但这时赤眉军也遇到了很大的困难：一方面，关中地区的豪族地主结成营垒，负隅顽抗;另方面，关中又接连发生灾荒，粮草供应非常困难。赤眉不得已再度撤离长安，决意引兵东归。不料在东归途中陷入汉军的重围之中。建武三年(公元27年)正月，光武以邓禹屡战败绩，乃命偏将军冯异为征西大将军，代邓禹总统诸军;又命邓禹率军与冯异会合，在崤山(今河南渑池以南)一带布防，狙击赤眉军。崤底(今河南渑池西南)之役，赤眉军大败，损失八万余人。余众十余万人南走，在宜阳(今河南宜阳县西)附近陷入重围。光武“自将征之”，赤眉忽遇大军，非常惊震，乃遣刘恭乞降。
镇压农民起义后，东汉采取各个击破的战略方针进攻南北各地的封建割据势力。从建武五年至十二年(公元29—36年)之间，陆续消灭掉渔阳的彭宠，南郡的秦丰，梁地的刘永，齐地的张步，卢江的李宪，东海的董宪，汉中的延岑，夷陵的田戎，陇西的隗嚣，安定的卢芳和巴蜀的公孙述，重建统一的刘汉封建政权。
为了巩固新建的东汉封建政权，光武汲取历史的经验教训，先后采取了一系列加强皇权和缓和阶级矛盾的政策措施。
集权于尚书台
光武以优待功臣贵戚为名，赐以爵位田宅，高官厚禄，而摘除其军政大权。光武鉴于西汉前期三公权重，权柄下移，虽设三公之位，而把一切行政大权归之于设在中朝由皇帝直接指挥的尚书台。尚书台设尚书令一人，秩千石，尚书仆射一人，六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。以下设有丞、郎、令史等官，所有一切政令都由尚书台直接禀陈皇帝，由皇帝裁决。从此，“天下事皆上尚书，与人主参决，乃下三(公)府”;“虽置三公，事归台阁”，“三公之职，备员而已”。但是到了东汉后期，有权势的大臣多加“录尚书事”的职衔，从而权柄再度下移，尚书台又蜕变为权臣专政的工具。
