报告指出，海权与陆权的争夺始终是亚太地区地缘战略的重要主题。随着亚太成为世界经济和战略博弈的主要舞台，美国推行以太平洋—印度洋为重心的亚太“再平衡”战略，亚太各国对海权的争夺更趋激烈，岛屿主权和海洋权益争端常态化、长期化、复杂化。
《战略评估2012》特别分析了东海、南海争端的发展趋势。它说，钓鱼岛主权争端是中日东海权益争端中最敏感、最棘手的一大难题，也是影响东海局势稳定的重要因素。钓鱼岛问题涉及领土主权，中日双方均很难退让。该争端还涉及钓鱼岛所享有的海域管辖权问题以及在海域划界中的效力问题，同时牵扯到日本与美国、中国大陆和台湾的各种因素盘根错节、互相制约。中日钓鱼岛对峙可能呈现长期化趋势，且形成“行动—反行动”作用模式。安倍上台后，因日本战机多次对中国正常巡逻的海监飞机进行近距离跟踪监视，两国在钓鱼岛的对峙可能从海上扩大到空中，擦枪走火的危险性上升。这种事态如果继续发展，将不仅严重危害中日关系，同时也将威胁到地区稳定。