张虹以及其他辽宁省档案馆的工作人员对日本人篡改《清实录》的内容进行过相关统计，她说，仅光绪20年至21年的实录就有160处被挖补篡改过。“挖补过的地方有粘黏的痕迹，字迹也不同，放在灯光下尤其明显。”她说。
在清代，《清实录》从未刊布，只抄写了几部藏于北京、沈阳两地的宫廷里，极少人能够看到。在伪满洲国时期，日本人对《清实录》进行篡改，几乎没有遇到什么阻力。张虹说：“根据了解，当时日本人的篡改做得比较隐秘，出版影印的是先把篡改后的实录进行翻拍，将底片送回日本进行出版的，由于本来实录就不是老百姓能看见的，且溥仪的傀儡政权同意了，因此进行得比较顺利。”
甲午战争记载被大段删除
张虹介绍，德宗实录只有大小红绫本两个版本，被日本人篡改的是小红绫本，通过和皇史宬所藏的大红绫本以及定稿本对比，我们发现，被日本人篡改的内容主要有三类，一是把“倭”、“奸细”、“寇”等篡改成“日”、“敌探”、“敌”等，把对日有贬义的字样改得缓和。
二是整段的文字篡改，改变了文义的。如光绪二十一年五月辛未条，定稿本作“三国允与日本议归辽地，帮助到底，毋须派员豫议”，伪满本作“三国现与日本议归辽地，通知我方，毋须派员豫议”。
张虹分析认为：“这些篡改，将当时俄国、德国、法国迫使日本将辽东半岛归还中国‘帮助到底’的态度轻描淡写，也企图淡化辽东原本就属于清朝的事实，将自己主权的维护交由别的国家，影射清政府对自己丧失领土的漠视。”
三是定稿本中有许多大段文字，不见于伪满本。
张虹告诉记者：“(日本)为什么篡改《清实录》，我们现在分析，比如‘武装占领’，篡改成了‘武装干涉’，意思就是因为你们不民主，我来干涉，达到掩盖历史真相的目的。在中日甲午战争时期，有许多大段大段的记录被删除了，把中国人反抗日本前期的许多准备工作、战略部署的记录都删了，让大家以为甲午战争中国人没有反抗，是欣然接受的，淡化中国人的民族意识。”
辽宁省档案馆编研展览处处长何荣伟告诉记者：“我们没有将《清实录》恢复原貌的计划，也不可能恢复，一是因为篡改的地方太多，一处一处地恢复实际上对文物也是一种破坏，更重要的是，《清实录》被日本人篡改也是历史，为日本侵略者篡改历史留下了罪证。”