后来，年羹尧在击败准噶尔部首领策妄阿拉布坦入侵西藏、新疆的战争中，为保障清军的后勤供给，再次显示出卓越才干。康熙五十七年(1718年)，授年羹尧为四川总督，兼管巡抚事，统领军政和民事。康熙六十年(1721年)，年羹尧进京入觐，康熙御赐弓矢，并升为川陕总督，成为西陲的重臣要员。这年九月，青海郭罗克地方叛乱，在正面进攻的同时，年羹尧又利用当地部落土司之间的矛盾，辅之以“以番攻番”之策，迅速平定了这场叛乱。康熙六十一年(1722年)十一月，抚远大将军、贝子胤禵被召回京，年羹尧受命与管理抚远大将军印务的延信共同执掌军务。
左膀右臂
到了雍正即位之后，年羹尧更是备受倚重，和隆科多并称雍正的左膀右臂。隆科多是胤禛的亲娘舅，在胤禛继位前已为他效力多年，二人的亲密程度自不必多言。雍正元年(1723年)五月，雍正发出上谕：“若有调遣军兵、动用粮饷之处，着边防办饷大臣及川陕、云南督抚提镇等，俱照年羹尧办理。”这样，年羹尧遂总揽西部一切事务，实际上成为雍正在西陲前线的亲信代理人，权势地位实际上在抚远大将军延信和其他总督之上。雍正还告诫云、贵、川的地方官员要秉命于年羹尧。同年十月，青海发生罗卜藏丹津叛乱。青海局势顿时大乱，西陲再起战火。雍正命年羹尧接任抚远大将军，驻西宁坐镇指挥平叛。
到了雍正二年(1724年)初，战争的最后阶段到来，年羹尧下令诸将“分道深入，捣其巢穴”。各路兵马遂顶风冒雪、昼夜兼进，迅猛地横扫敌军残部。在这突如其来的猛攻面前，叛军土崩瓦解。罗卜藏丹津仅率200余人仓惶出逃，清军追击至乌兰伯克地方，擒获罗卜藏丹津之母和另一叛军头目吹拉克诺木齐，尽获其人畜部众。罗卜藏丹津本人因为化装成妇人而得逃脱，投奔策妄阿拉布坦。这次战役历时短短15天(从二月八日至二十二日)，大军纵横千里，以迅雷不及掩耳之势横扫敌营，犁庭扫穴，大获全胜。年羹尧“年大将军”的威名也从此震慑西陲，享誉朝野。
平定青海战事的成功，实在令雍正喜出望外，遂予以年羹尧破格恩赏：在此之前，年羹尧因为平定西藏和平定郭罗克之乱的军功，已经先后受封三等公和二等公。此次又以筹划周详、出奇制胜，晋升为一等公。此外，再赏给一子爵，由其子年斌承袭;其父年遐龄则被封为一等公，外加太傅衔。此时的年羹尧威镇西北，又可参与云南政务，成为雍正在外省的主要心腹大臣。
